大学起源以后又怎样发展呢？对大学发展历程的描述和研究很难用编年的办法进行。但一般来说，对大学的发展历程有个三段论。即从英国模式→德国模式→美国模式，具体说法上有不同，如，克尔的三段论是以纽曼理念为代表的秉承人文主义教育的英国大学模式→以洪堡思想为代表的崇尚科学的德国大学模式→美国的研究型大学教育模式；《濒临毁灭的大学》一书作者加拿大的雷丁斯的三段论是康德理性理念下的大学→洪堡文化概念下的大学→美国技术官僚体制观念下的一流大学。其实，蔡元培很早就有类似的三段论的说法。
　　如果不是很严格的学术研究，为了便于理解，我们也可将大学的发展看成是中世纪大学--近代大学--现代大学。中世纪大学简单说就是在教会的控制下形成了它的管理制度、教学组织、学习课程、考试制度、学位等，但教会允许大学自主管理，决定内部事务；中世纪大学与外部最主要的矛盾就是与教会的斗争。从起源上讲，大学是在教会和皇权支持下才得以建立和发展的，如索邦大学就是由巴黎圣母院控制，教长就是校长，但大学最后发展的逻辑是反教会的。大学并不是自觉地反对宗教，但后来反对教会控制、反对精神强制，反对教会对宗教教义解释不了的问题的新科学研究结论的排斥。正是在这种不断的斗争中，大学进入了近代。
　　我们今天回顾近代大学的转变枢机，都会注意到离不开德国和洪堡。但实际上大学的转变来自法国和德国。大学迈入近代的推手是欧洲16世纪的宗教改革，这是欧洲继文艺复兴以后的又一次反封建运动。发起人是德国维滕贝格大学哲学和神学教授马丁·路德，稍后是法国人加尔文在瑞士的改革。宗教改革对大学的意义是要求宗教教义与人文学科相结合，但给予自然科学以明确的地位，这个成果对大学的发展非常重要，使大学的发展进入了新时期。
　　把大学最终从教会手下夺下并由国家真正控制而不是名义上控制的是19世纪初的拿破仑。拿破仑很强权，自己是炮兵出身，精通数学。他的决策对高等教育的发展带来了两大影响：一是将大学国家化，明确大学的目标是"培养忠于君主、忠于国家和家庭、为国家服务的公民"；二是开始采用分科办学，办了不少专科性的多科工艺学院和文理学院。拿破仑确立了高等教育注重功利的价值取向。
　　近代大学发展到德国洪堡时期达到了高峰。洪堡是普鲁士内政部的国务秘书衔教育司长，很多人误以为他是教育部长，其实不是，普鲁士没有教育部，但他也是主管教育的最大官员了。洪堡既把教育看做国家精神的体现，又认为大学是独立的机构，主张大学应进行无功利的研究，为整个人类知识教育服务。洪堡为了实现自己的理想，也是对普鲁士皇帝只给他国务秘书的虚衔而不授实权的抗议，挂冠去创办了柏林大学。后人对他的大学教育思想总结了三条主要原则，称为洪堡三原则：1、教学必须与科学研究相结合；2、学术自由；3、大学自治。这三个原则是后人替他总结的，但非常重要。它将大学从事科学研究的使命理念化和神圣化了，确立了科学在大学的中心地位，"为科学而生活"是当时德国大学中的普遍理念，德国的大学成为了全世界的典范。1870年法国在普法战争中一败涂地，法国哲学家、历史学家勒南就声称"赢得战争的正是德国的大学"，俾斯麦总结"是德国的大学生打赢了那场战争"。他们的观点非常典型。到今天很多教育专家坚持认为，什么是真正的大学精神？就是这三条，是大学的"顶层"理念。
　　但对洪堡，又必须补充三点。一是洪堡的三原则，有相当的成分是针对教会对大学的控制提出的，他希望大学为国家的强大服务，而不是为教会的强大服务。二是洪堡的大学原则除第一条外，后两条他的后任都反对，德国也没有真正实施，如学校预算和校长任命都还控制在国家手里。国家对大学的支持往往也意味着对大学和学术的控制和干预。三是洪堡也有局限性，比如他认为大学不应承担对社会务实性的技术服务和职业培训，这些要另外建不承担研究职责的学校承担。这也是德国双轨教育制度的滥觞。但无论如何，高等教育发展到19世纪初，德国的精英深刻领悟到了大学的真谛，为后世留下了大学伟大的精神遗产。
　　随着美国的强大，高等教育中心转移到了美国，大学发展进入第三阶段。美国学院起源于欧洲移民登陆的东部，学院是完全模仿英国牛桥大学模式建立的。但整个19世纪，美国却往德国输送了一万多名留学生，很多人回国后在大学任教，不少人后来还担任了校长。美国人去法国和英国留学的就相对较少，法国人比较浪漫，但在美国人看来是世风不雅；少去英国是因为英国国教总是干预和审查科学研究成果，美国人大部分信基督教，不能接受。德国影响美国的另外一条途径是大批的德国学者到美国任教。总的来说，是德国大学的科学精神、研究水平和学术活力吸引了美国人。今天，我们很多人批评说，谈高等教育为什么总拿美国逢人说项，其实那时美国人谈对旧式陈腐学院的改革也是言必称德国的。总有一天，中国高等教育强大了，世界也会言必称中国。
　　法国对美国高等教育的影响不是一点没有，今天纽约、密歇根、弗吉尼亚等州统一和庞大的公立大学系统都是受法国理性主义大学理想的影响产生的。州立大学实际上就是一个全州公立高等教育体系的管理机构，受州议会直接掌控。这些公立大学主要是为本州居民服务和高等教育的民主化而存在的，基本水准比较高，但竞争意识不强，效率不算高，也达不到一流私立大学的水平。
　　美国的高等教育经过了赠地法案和第二次世界大战的两次大发展成为了世界头号高等教育强国。美国大学模式上的跨越改进有两次，一是美国人按照德国模式办了约翰·霍普金斯大学，校长吉尔曼就是柏林大学毕业生，这所大学以研究为主，设了研究生院，后来哈佛、耶鲁、哥伦比亚、普林斯顿等都跟上来了；第二次是威斯康辛大学的为社会服务理念的扩散，使大学成为社会发展不可或缺的智能机构，挖掘出了它的经济功能和属性，这是莫里尔赠地法案精神的必然结果。有意思的是威斯康辛理念之所以形成是顺应了该州以德国移民为主的民众愿望，当时的威斯康辛大学校长范·海斯本人就是德国移民。德国人有严谨的科学精神，也有严肃的务实态度，威斯康辛大学是德国移民对两者的结合，可见师无定法。这两次变化的表述看似简单，其实却是反复认识和艰苦磨砺的过程，它们背后的实质是美国人找到了大学教育、科学研究和社会经济发展之间的关系，才把大学办活了。当然美国高等教育在第二次世界大战后突然崛起，还有两个原因，一般很少为人们提起。一是他们将大批德国科学家包括犹太科学家引进到了美国，没有这些科学家，单靠美国人自己根本不行；二是战争后期美国对以"曼哈顿计划"为代表的尖端和新兴科技的大量投资，特别是战后对生物科学研究的投资很大，带动了美国高等教育的腾飞，成就了此后几十年的"美国高等教育发展的黄金时代"。没钱，科学家也只能做无米之炊。
　　美国高等教育的活力之处在于，美国人再实用主义和俗气（斯宾塞的思想在不是他故乡的美国得以发扬光大），但还是在骨子里保留了欧洲人崇尚科学的精神和尊重自由的多元文化气质。