本学期开学以来，各学院结合学习全国、全省教育工作会议精神，认真贯彻校党委扩大会提出的任务要求，积极谋划新学期工作发展，决心在教育优先发展、加快发展的形势下，进一步解放思想、深化改革、强化内涵，创建特色，努力完成“十一五”既定目标，开创科学发展新局面。
基础医学院提出，要以学科建设为龙头，进一步整合学科资源，优化学科结构布局，培育学科增长点，凝练学科方向，推进学院学科建设和科学研究跨上一个新台阶。如继续做好生物学一级学科博士学位授权点申报的后续工作，配合学校做好生殖医学国家重点实验室的申报工作；加大教学管理力度，继续严把教学质量关，推选优秀教师为年轻教师开设示范课教学；优化师资队伍结构，积极引进具有国际视野和海外背景的高层次人才，探索建立与国外高水平大学建立高层次人才合作培养机制；坚持依法治院，促进学院科学规范管理。
公共卫生学院制定的目标是以开展创先争优活动为契机，坚持人才队伍建设和学科内涵建设，深化改革创新，强化科学管理，不断提高教育教学水平与人才培养质量，努力提高科研创新和服务经济社会的能力。具体措施包括继续实施短期出国培训方案和青年教师培养制度，有计划地定点引进高层次人才，进一步加强预防医学各专业及实践教学的教育教学改革，构建科技创新体系，积极组织江苏省优势学科和创新平台的申报，继续抓好三药安评中心检测服务的规范运行、质量管理和市场开拓，积极探索江宁校区公卫楼实验室管理创新等。
护理学院计划落实教师的临床进修、读书深造、出国培训计划； 筹备召开学科建设推进会，完善“院级科研基金”；搭建多层次多形式学术交流平台和跨学科研究生培养机制， 继续做好继续教育和省内护理培训等社会服务工作；认真组织落实“3+2”国际课程实验班教学计划；加大力度推进大学生素质拓展计划，如对护理专业学生进行形体训练和急救培训。
医政学院提出要把握发展机遇，注重内涵建设，强化学院特色，全面提升学院教学、科研、管理、社会服务的整体水平，扩大社会影响力。继续深化思想政治课教学改革；积极筹备公共管理博士点申报，争创公共事业管理省级品牌专业、医事法学省级精品课程；发挥“医学人文素质教育专业委员会”作用；扩大实习、就业基地建设规模；进一步加强心理健康教育的日常工作等。
国际教育学院着手抓几件大事，一是做好留学生考试题库的建设，计划采用“边建设、边使用、边完善”的原则，用4年时间完成总试题量达2.6万题的题库建设。二是适应招生规模扩大，做好新一届留学生和港澳台学生的招生、后勤保障工作。三是进一步将我校与一批国外高水平大学签订的合作协议具体化、项目化，拓展国际交流合作。四是启动我校加入接受国家奖学金留学生学校的计划。五是通过多种途径加强留学生师资队伍的培养。
继续教育学院、高等职业技术学院将以巩固基础、提高办学层次和拓展办学渠道为着力点，以规范办学、依法办学、诚信办学为原则，稳定成人学历教育招生规模；尝试打造全科医师培训、执业医师（护士）考试培训、住院医师（执业护士）规范化培训等平台；进一步完善网络教务管理平台；积极推进自学考试营养、食品与健康专业、护理学专业“专接本”工作的开展和具体落实；推出一批覆盖全省的成人医学教育“优师”、“名师”；加大成人高等教育特色专业和精品课程建设力度。
康达学院提出的工作重点是认真做好南京医科大学康达学院（连云港）的论证、规划、布局、统筹等系列工作，做好过渡期的各项安排，确保2011年新生顺利入学；继续开展执业医师考试培训等相关工作，提高执业医师考试通过率；争取申报眼视光学、急诊与灾难医学和医学美容技术三个新专业；继续做好迎接独立学院专业抽检的准备工作，完善制度，加强管理，重视执行，强化监督。
第一临床医学院强调坚持内涵建设与外延发展并重，抓住发展机遇，加强教改研究,提高教学质量和教学管理水平。重点加强师资队伍建设和学科建设，争取研究生、七年制及本科生的教学质量再上一个新的台阶。为此将积极推进江苏省“青蓝工程”、“兴卫工程”等重点人才项目的实施； 以教育部“中央与地方共建项目”和江苏省临床研究院建设为契机，进一步加强国家重点学科、省级“十一五”重点学科和校级重点学科的内涵建设工作； 认真建设好临床医学一级学科博士点；加强研究生、本科生、七年制及留学生的教育教学管理和改革，积极筹建“模拟医院化的临床实践技能中心”，注重学生综合素质尤其是诊疗思维、临床技能等方面的培养和训练；争取申报更多的专业成为国家级特色专业、省级特色专业。
第二临床医学院将围绕“技术、管理、服务、效益”上水平的目标任务，一方面强化基础规范管理；另一方面着力打造特色学科和学科特色；力争在临床技术、护理服务、干部管理考核、成本效益分析和分配上有实质性突破；同时南扩工程要完成拆迁、新楼设计开工以及东院整体规划等任务，努力为建成园林式花园医院、实现基本现代化建设打好坚实基础。