自2000年以来，我校重点学科建设取得了长足的发展。从2000年2个湖南省重点学科，3个国家中医药管理局重点学科发展到现在拥有国家教育部重点学科1个，国家中医药管理局重点学科3个，湖南省重点学科8个，共计12个重点学科。重点学科的发展，为我校科研、教学水平的整体提高作出了巨大的贡献，学校目前承担重大科研课题人员及科研奖励，高级别的精品课程等几乎来自各级重点学科。
　　为了促进重点学科的发展，学校在人、财、物各方面给予支持，7年来，学校共投入1037.845万元用于科研、教学仪器设备的购置，其中90%用于重点学科。学校至2007年，已建立了包括各级科研实验室、工程研究中心等科技平台19个，为我校的科学研究提供了强有力的保障与工作条件。
　　为了争取更多的学科进入高级别重点学科，“十五”期间确定了中药学为校级重点学科，经过5年建设，目前该学科已成为湖南省“十一”重点学科。“十一五”期间，学校确定了中医基础理论、中医临床基础、微生物学、中医妇科学、中医儿科学、中药化学与分析、中西医结合基础、社会医学与卫生事业管理、马克思主义中国化研究等9个学科为校级重点学科，给予每年5-10万元的建设经费资助。