黄巢建立大齐政权后，对在京（长安）旧唐官员“三品以上停，四品以下还之”。后又下令，百官诣赵璋第投名衔者，复其官。并派出了大批使者到各地宣布赦书，敦促唐藩镇投降。880年12月，离长安较近的“河阳节度使诸葛爽叛附于黄巢”（《新唐书·僖宗纪》)，其后，“天下藩镇多受其伪命”（《旧唐书·王处存传》)。
　　连年的战争，再加上起义军进长安前唐军及街痞流氓的烧杀抢掠，正值冬季的京城及周围一片荒凉。黄巢进入长安，一方面派人西追唐僖宗，一方面准备登基，一方面还要加紧联络或打击藩镇势力，几十万大军需要大量的军需和生活用品。这时，黄巢开始对归降的藩镇征讨军粮、士兵和物质。880年底，河中节度使王重荣以黄巢过度征发人力物力为借口，逼走节度使李都，公开背叛大齐，重新归顺唐朝廷。为平定这一叛乱，黄巢遣朱温以舟师自同州，黄邺自华州，率兵数万，合攻河中。在这次战役中，王重荣死守城池，朱、黄久攻不下。刚好此时大齐的吏部尚书兼水陆转运使张全义押运四十多船粮食兵仗增援，停在风陵渡。王重荣令士兵偷偷出城，化装成大齐军模样，直奔张全义大营，张全义以为是大齐军到，没加防范。他们杀死看守士兵，趁势截获粮食兵仗，黄巢军大乱，自相残杀，为王重荣所败，损失粮仗四十余船。王重荣乘胜攻击朱、黄部队，朱温、黄邺无心恋战，大败。王重荣乘胜与义武军节都使王处存结盟，引兵营于渭北。
　　看到拥唐倒大齐希望的僖宗立刻传诏各道，要求出兵围剿黄巢。假意投降大齐的凤翔节都使郑畋，秘密纠集逃散在关中的几万禁军，联络临近藩镇，结成反攻联盟。881年3月，大齐“遣千余人到凤翔大索粮馐，于时烽候已严，侦逻殊密，云旗霜刃，森罗于百里之内，贼入界大惊，俱就擒戮”。接着，郑畋以京西都统的名义发布讨黄巢檄文，围攻起义军。郑畋的反攻，立即激怒了黄巢，他派太尉兼中书令尚让、京兆尹王璠、军使林言统兵五万进攻凤翔，讨伐郑畋。郑畋命行军司马唐弘夫利用地形伏兵龙尾陂，又令副都统程宗楚为先锋，诈败，引诱大齐军入包围圈，并亲自领兵数千,多张旗帜，在草木丛生的陂上疏阵以待。郑畋是文官出身，没有作战经历，尚让等人非常轻视对手，特别是刚一交战，程宗楚便落荒而逃。由是大齐军更加轻敌，在地势不熟的情况下，鼓行而进，行军无编队、没阵型，结果中了埋伏，二万多士兵伤亡，黄巢军大败。
　　二次战役意外的失利，给刚刚建立起来的大齐政权带来了极大的负面影响。
　　起义军攻河中，损失粮仗；攻凤翔，遭重创损失两万余人，使本来对黄巢军“畏怯不敢出兵”的藩镇，重新看到了打败大齐军队，扼杀大齐政权，复辟旧王朝的可能。
　　黄巢在建立政权前夕，主要的对手是名将高骈。880年5月，黄巢用计在信州杀死唐骁将张璘。张璘之死和所率精锐部队被消灭，对高骈是一个致命的打击。从此，一贯主动出击，积极镇压起义军的高骈尽量避免与黄巢正面作战，转为采取保存实力的消极观望态度。甚至“但命诸将严备，自保而已”。同时，高骈又向朝廷告急，夸大黄巢军势，黄巢自称十五万众，而高骈则奏称义军有六十万，并称病“不复出战”。9月，黄巢军渡过淮河进攻泗州，唐副都统曹全晸以六千兵应战，寡不收众，等待援兵合力抗击，高骈龟缩扬州不予救援，黄巢遂大败曹全晸军。从此，黄巢军一路势不可当，直逼京城。所到之处，官吏、地主纷纷溃逃。黄巢以率土大将军的名义转牒各镇兵，“各宜守垒，勿犯吾锋。吾将入东都，即至京邑，自欲问罪，无预众人”。河南各藩镇军队自相溃散，黄巢大军成为旧唐势力不可战胜的力量。
　　大齐政权的建立，基本上宣示了唐王朝的灭亡。而河中之战和龙尾陂之战的失利，使各怀鬼胎的各藩镇又重新拾起了信心，大齐军队并非不可战胜。战胜来犯的大齐军队，就有可能成为一方霸主。所以，就在881年4月1日，唐邠宁牙将朱玫杀死大齐邠宁节都使王玫，反戈大齐。中旬，忠武节都使周岌伙同监军杨复光杀死大齐使者，归附旧唐。形成了两川、兴元军屯渭北，邠宁、凤翔军屯兴平，保大、定难军屯渭桥的局面。受此影响，被唐驱逐的沙陀族李可用也应邀出兵逐鹿中原，而淮南节都使高骈则蠢蠢欲动，假意出兵勤王，使大齐政权重新又成为各藩镇攻击的对象。
　　河中之战和龙尾陂之战的失利，特别是龙尾陂之战后，郑畋利用胜利的声威，传檄天下藩镇，号召他们出兵叛齐，使大齐政权征粮和军需、生活物质更加困难。883年4月，起义军被迫撤离长安。
　　河中、龙尾陂二次战役的失利，各藩镇打着勤王的旗号，乘机扩大地盘。“由是相互吞视，惟力是视，皆无所禀畏矣”。882年，浙东观察使刘汉宏以勤王的名义攻击杭州，大败，由其引发了与董昌连年的地盘争夺。随后，钱谬拥兵称王，灭刘汉宏、薛朗、董昌,占据吴越。唐僖宗逃到成都后，邛州阡能发动起义。一时蜀中“纷纷竞起，州县不能制”。所过之处，“攻陷城邑”，使流亡成都的小朝廷时时处于不安之中。看到局势的变化，朱温萌动了叛变，王重荣迅速崛起。藩镇之间强者兼弱，大者并小，甚至在朱温和李克用共同追击黄巢时还发生了火并的事件，社会秩序一片混乱。
　　河中、龙尾陂二次战役的失利，促使江南地主武装蜂起。他们利用某一地区的军事真空，乘机起兵，发展自己的势力。“寿州屠者”王诸首先起兵，自称将军，先后占领了寿州和光州。与此同时，又有“贸贼”钟季文攻占明州，“临海贼”杜雄攻占台州,“永嘉贼”朱褒攻占温州，“遂昌贼”卢约攻占处州（丽水），柳超据常州，王傲据昆山，王腾据华亭，宋可复据无锡。而“关东方镇牙将皆逐主帅，自号藩臣”（《旧唐书》），宋州朱瑄父子成为兖、郓一带割据者，刘隐做岭南豪强，孟方立割据邢、洺，时溥占有徐州，都成为拥有军队的小王国。大唐和大齐都失去了对局势的控制，藩镇出兵剿杀大齐政权，也是为了拥有更多的地盘，而非为李氏王朝的复兴。从此，天下大乱，群雄逐鹿，形成了新一轮的藩镇兼并，大一统的唐王朝走向灭亡，五代十国在此基层上逐渐形成。