改革开放三十年以来，我国教育体制改革和教育法制建设的核心内容之一，就在于落实和扩大高等学校的办学自主权。1985年《中共中央关于教育体制改革的决定》指出，“在教育事业管理权限的划分上，政府有关部门对学校主要是对高等学校统得过死，使学校缺乏应有的活力；而政府应该加以管理的事情，又没有很好地管起来”，因此，要“改革管理体制，在加强宏观管理的同时，坚决实行简政放权，扩大学校的办学自主权”。1993年中共中央、国务院联合发布《中国教育改革和发展纲要》，进一步提出“使高等学校真正成为面向社会自主成长的法人实体”，要求通过立法，明确高等学校的权利和义务，使高等学校真正成为面向社会自主办学的法人实体。1995年《中华人民共和国教育法》首次以法律的形式明确了学校的法人地位，规定了学校的九项权利。1998年《中华人民共和国高等教育法》进一步确立了高等学校的法人地位，规定高等学校应面向社会，依法自主办学，实行民主管理，并规定了高等学校享有的七项权利。
　　以上教育政策和法律不仅确认了高等学校的办学自主权，同时也对高等学校依法行使办学自主权提出了要求。高等学校依法办学中的法，不只是包括《教育法》、《高等教育法》等专门的教育法律、法规和规章，也包括《宪法》中有关学校教育的内容，以及其他与学校教育有关的法律、法规和学校内部的规章制度等。法律法规对高等学校的办学权利和办学行为进行了规定，并不意味着高等学校就能够真正地实行和推进依法办学，这也正是我国当前教育法制建设过程中面临的重要问题之一。
　　当前，我国高等学校依法办学存在多种问题，主要集中在以下几个方面：第一，教育法律体系不完善。虽然我国相继制定了《学位条例》、《教师法》、《教育法》、《高等教育法》、《普通高等学校学生管理规定》等相关法律、法规及部门规章，为高等学校依法办学奠定了有法可依的基础，但是，这些法律、法规和规章中的某些规定仍然具有较强的行政保护色彩，强调教育行政部门和高等学校权力的行使，忽视对高等学校办学自主权的约束，忽视对作为管理相对方的教师和学生的权利的保护。第二，高等学校内部管理制度不完善。高等学校的内部管理制度包括教学、科研、人事、财务、学生事务以及资产管理等方面的制度，这些制度是高等学校开展各项活动的依据，必须以我国的相关法律、法规和规章为基础，并遵守教育事业发展的特性和规律。但是，高等学校现有的部分内部管理制度，却与我国的法律、法规和规章存在一定的冲突，引起了社会对于高等学校行使办学自主权的关注。例如，高等学校为了便于管理学生，出台了操作性强的校规，对学生的部分权利作出严格的限制，或者对学生的违纪行为作出过重的处分规定，在一定程度上对学生受教育权等法定权利产生了极为不利的影响。第三，高等学校滥用办学自主权的情况时有发生。依据《高等教育法》的规定，高等学校具有七项办学自主权，其中，招生权、人事权和财产权是公众关注的焦点，也是高等学校最为重要的几项权利。有的高等学校不按照教育法律、法规行使招生自主权，致使在自主招收本科生、招收博硕士生过程中出现不公正的现象，由此而产生的腐败现象是高等学校对教育公益性的背离。有的高等学校滥用人事权，不按照规定的条件和程序聘用或者解聘教师，损害了教师的合法权益。高等学校具有一定的财产权，但有的高等学校没有按照相关规定严格行使财产权，学校内部的财务管理混乱，尤其是对科研经费的管理较为松散，出现了教师和管理人员挪用经费等事件，在社会上造成了极为恶劣的影响。第四，教师和学生权益受损后的救济渠道不通畅。有权利即有救济，如果权利在受到损害时不能得到救济和恢复，那么，权利也不可能得到完全的实现。当前高等学校保护教师和学生权利的制度较为缺乏，尤其是没有建立校内申诉机构，或者即使建立了也形同虚设，未能较好地保护教师和学生的合法权益。
　　高等学校依法办学是我国依法治教的重要组成部分，是未来一段时间内我国教育体制改革和教育法制建设的重要任务。推进高等学校依法办学，对于举办者政府而言，一方面需要合理、明确地划分其与高等学校权力的界限，保障高等学校能够独立地行使办学自主权，另一方面需要加强对高等学校自主办学的监督，使高等学校的发展方向不偏离公益性的目的。
　　对于高等学校而言，则需要从以下五个方面做出努力：
　　第一，制定章程，完善内部管理体制。《教育法》第二十六条规定设立学校必须具备章程，第二十八条规定学校按照章程自主管理，这同样适用于高等学校。教育部《关于实施<中华人民共和国教育法>若干问题的意见》要求“各级各类学校及其他教育机构，原则上应实行‘一校一章程’。高等学校依法制定的学校章程是学校自主办学的重要依据，需要经学校教职工代表大会审议通过、主管教育行政部门核准后实施。高等学校按照其核准实施的学校章程完善内部管理制度。一方面，坚持党委领导下的校长负责制，既要保障校长依法享有的法定权力和权利，也要加强对校长权力的制约与监督。同时，在学校内部合理地配置行政权力与学术权力。另一方面，高等学校要按照学校章程设立和完善教育工会等学校机构，全面地制定一系列涉及教学、科研、人事、财务、学生事物以及科研项目管理、科研经费使用、科研成果奖励等方面的相关制度。
　　第二，依法招收和管理学生，保护学生的受教育权利。高等学校要依照教育法律法规和规章的规定招收学生，为受教育者提供公平的受教育机会，坚决杜绝招生过程中的教育违规和教育腐败问题。高等学校要依法对学生进行管理，其管理行为的内容合法合理，程序公平公正，保护学生的受教育权和其他合法权益。其中，高等学校的校规是学校依法管理学生的基础和依据，其内容既不能超越教育法律法规和其他相关法律法规规定的范围，也不能与这些法律法规相抵触。高等学校对学生法定权利的限制，必须以不侵犯其受教育权为限度，使其控制在合法与合理的范围之内。鉴于此，高等学校应当清理现有的规章制度，修改或废止与现行法律法规不一致的或已经失效的相关规定，也要废除不符合高等学校发展目标的有关规定。其中，对学校校规的清理尤为必要，必须及时修改那些与国家法律法规相抵触的规定，避免学校滥用权力，侵犯了学生的其他法定权利。当学生的合法权利受到侵害时，高等学校应当为学生提供权利救济的机制，为学生提供校内申诉等救济途径，补救学生受损的权利。
　　第三，依法聘任和管理教师，充分调动教师工作的积极性。高等学校应遵循《教育法》和《高等教育法》以及相关人事政策，与教师签订聘任合同，为教师提供相应的工作条件，及时落实教师的相关福利待遇，从而充分地调动教师工作的积极性。如果不续聘或者解聘教师，高等学校应充分说明理由，并遵循正当的程序。如果有必要，高等学校应当在学校内给予教师为自身权利辩护的机会。高等学校应当制定完善的教师评价指标和体系，公平、公正地评价教师的工作，维护教师的教育教学权、指导评价权、进修培训权和学术管理权，促进教师专业化发展，提升教师的专业地位。其中，高等学校要保障教师行使惩戒的权力，维护正常的教学秩序，但是，高等学校必须严格监督教师惩戒权的行使，避免教师对学生合法权益的侵犯。
　　第四，完善教职工、社会参与管理和监督机制。我国教育法律法规确定了高等学校的办学自主权，但是，这种办学自主权不是高等学校随意行使的权力，应当受到相应的制约。除了政府作为举办者对高等学校的监督和司法机关对高等学校的司法监督之外，高等学校应建立有效的内部约束机制和社会民主监督机制，做到“扩大办学自主权”和“用好办学自主权”的统一。具体来说，高等学校要进一步完善教职工代表大会，保障教职工对学校重大事项决策的知情权和民主参与权；高等学校要全面实行校务公开制度，公开学校办事制度、办事程序和办事结果，包括及时向教职工公开学校重大决策、财务收支情况、教职工福利待遇以及其他事项，也包括向社会公开学校的招生规定、收费项目与收费标准等；高等学校要积极推动社区参与学校的管理，为高等学校的发展提供切实可行的建议，并监督学校的办学行为。
　　第五，保障高等学校办学的公益性。教育法学专家劳凯声认为，公立学校是国家以培养人才为目的而举办的，由公共财政经费维持的公立公益性机构，因其特定目的公益性和服务对象的不特定性特征而享有确定的公权力，有别于以私益为归宿的企业法人或单一的民事主体。因此，高等学校作为政府依法举办的公立机构，虽然其法人地位决定了它享有一定的民事权利，但是，高等学校的功能也决定了它的民事权利必须受到必要的限制，以保障其办学的公益性。对于社会广泛关注的收费问题，高等学校不能完全依据市场机制自行制定收费政策和收费标准，而应该遵守以政府指导价格为基础的收费制度，规范和约束自己的收费行为。