2013年学校坚持走以人才培养质量提升为落脚点的内涵式发展道路，着力推进人才培养模式创新，着力推进协同创新，着力推进临床提升，着力推进国际化水平提升，扎实开展党的群众路线教育实践活动，学校各项事业取得了显著的成绩。
　　（一）队伍建设和人才培养师资和人才队伍建设取得新进展。学校新增教育部长江学者特聘教授1人，教育部“新世纪优秀人才支持计划”1人，“双创计划”引进人才1人，“博士集聚计划”1人，省有突出贡献中青年专家1人，江苏省第四期“333高层次人才培养工程”第一层次培养对象1人、第二层次5人、第三层次18人。1个团队入选省创新团队计划，1位教授荣获第八届 “宋庆龄儿科医学奖”，3位教授入选江苏省特聘教授。引进高层次人才11人，引进干细胞和神经再生研究团队。新增A类特聘教授2人，B类特聘教授4人。遴选首批13名“南医名师”和“南医名医”。在专业技术职务评聘工作中，获评正高36人、副高92人、中级384人。
　　教学质量工程建设取得新进展，《口腔正畸学》、《医学机能实验学》和《医学形态实验学》获批国家级精品资源共享课；《医患沟通的共知共享》获批国家级精品视频公开课，并在“中国大学视频公开课”平台上线；国家级精品资源共享课《卫生毒理学》在“中国大学资源共享课”平台上线；《人体寄生虫学》（第4版）入选国家“十二五”重点图书出版规划项目；三位教授入选国家医学数字教材主编人；在江苏省教学成果奖评选中，获得一等奖2项和二等奖3项。
　　我校学生在各类竞赛中屡获佳绩。获国家级（省级重点）“大学生实践创新训练计划”项目30项、省级一般项目20项、省级指导项目24项；获省教育厅高校本专科优秀毕业论文（设计）一等奖1项、三等奖3项、优秀团队3个。“2013年全国医药院校药学/中药学专业大学生实验技能竞赛”中获得一等奖1项，二等奖1项；第四届全国高等医学院校大学生临床技能大赛中获三等奖。在2012年全国执业医师资格考试中，我校临床医学、口腔医学、公共卫生执业医师资格考试通过率均高出全国平均水平20个百分点，排名比上一年度大幅提高。
　　深化研究生培养模式改革。109名毕业生获得了硕士毕业证、硕士学位证、执业医师资格证和住院医师规范化培训合格证等“四证”。在2013年江苏省研究生“创新工程”遴选中，共获得省优秀博士学位论文3篇、省优秀硕士学位论文5篇、省普通高校研究生科研创新计划项目83项、江苏省教改课题项目3项。在站博士后获中国博士后科学基金特别资助2人，面上资助一等1人，二等4人；获江苏省博士后基金特别资助项目2人，面上资助项目5人。新增科学学位博士生指导教师53名，临床/口腔医学专业学位博士生指导教师51名，新增科学学位硕士生指导教师97名，专业学位硕士生指导教师272名。
　　全年共有1666名七年制学生和本科生顺利毕业，七年制毕业生学位授予率为96.90%，本科毕业生学位授予率为97.02%。康达学院毕业生821人，学位授予率为92.07%。全年共授予硕士或博士学位1097人。
　　校本部今年录取本科新生1809人，康达学院录取新生1203人。录取全日制硕士研究生849人，其中科学学位540人，专业学位309人；录取全日制博士研究生131人，临床医学专业学位博士研究生325人；在职人员攻读公共卫生硕士专业学位98人。招收101名留学生新生 （94名本科生和7名硕士研究生）和18名港澳台侨新生。成人学历教育招生录取4282人，比去年增加 668人，增长18.5%。
　　（二）学科建设与科学研究工作在教育部第三轮一级学科评估中，我校参评的5个学科排名全面提升。公共卫生与预防医学由第二轮的第4名升至第3名；基础医学由第9名升至第7名；口腔医学由第8升至第6名；临床医学位居第18位，排名由第二轮评估的前54%进至36%；护理学学科首次参评，排名第8。药学、护理学和特种医学三个省一级学科重点学科在中期检查和评估中获得良好等级。临床医学学科和药理学与毒理学学科在 “基本科学指标”数据库（EssentialSci鄄enceIndicators，简称ESI）中的排名稳步提升。
　　生殖医学国家重点实验室顺利通过验收。协同创新中心创建工作取得突破，“心血管病转化医学协同创新中心”入选首批“江苏高校协同创新中心”。培育组建6个校级协同创新中心。
　　2013年全校科研项目实到总经费15170万元，共获得国家自然科学基金233项，总经费1.2亿元，项目数在全国排名第26位。其中国家杰出青年基金1项、优秀青年基金1项、重点项目2项、重大国际合作项目1项、NSFC-NIH生物医学合作研究项目2项。全校共发表SCI署名文献1537篇，其中具有自主知识产权论文837篇，单篇最高影响因子35.2，平均影响因子2.97。全年申请发明专利37件，获授权29件。获得3项部省级科技成果一等奖，为历年来获部省级一等奖最多。
　　《南京医科大学学报（自然科学版）》在第三届中国学术期刊评价中被评为中国核心学术期刊（A）。《南京医科大学学报（社会科学版）》首次进入全国综合性人文、社会科学学科期刊前50。
　　加强国际交流与合作，推进学校国际化进程。共有42名学生参加境外访学项目，有18名教师赴海外进修学习。4名本科生首次获得国家留学基金委资助，13项“国际科技合作聘专重点项目”和“聘请外国短期专家杰出青年教师培育聘专项目”获省教育厅资助。
　　（三）附属医院建设与社会服务工作第一附属医院全年实现门急诊 343.9万人次，同比增长3.18%；出院病人9.4万人次，同比增长8.28%；手术5.3台次，同比增长4.94%。在复旦大学医院管理研究所公布的2013年中国最佳医院排行榜中，医院位居第20位，在专科排名中，康复医学科位列全国第一。新增6个国家临床重点专科建设项目。
　　第二附属医院全年实现门急诊122.5万人次，同比增长7%；出院病人4.7万人次，同比增长8%；手术14075台次，同比增长9.9%。
　　附属口腔医院全年实现门急诊49.1万人次，同比增长3.1%；出院病人1688人次，同比增长15%；手术例数1483人次，同比增长15.1%。新增1个国家临床重点专科。
　　附属明德医院土建工程已近尾声，医院二期建设任务设计书已初步拟定。新建连云港临床医学院，与南京军区南京总医院签署合作协议共建南京医科大学金陵临床医学院。
　　学校与南京江宁（大学）科教创新园有限公司就共建生命科学城签订合作协议；与镇江市政府签订全面合作协议，并筹建健康科技园；与盐城卫生职业技术学院签署结对共建协议，成立南京医科大学苏北卫生发展研究所。
　　（四）学校综合管理工作推进依法治校，完成《南京医科大学章程（草案）》，并在校内外广泛征求各方意见。科学布局江宁校区景观，打造绿色校园，对江宁校区道路、楼宇进行系统命名。
　　根据上级有关文件精神，完成了全校基础绩效2013年标准的调整和附属医院人员基础性绩效标准的测算以及2013年度绩效总量的上报和审批工作。开展第二轮岗位聘任工作，加强编制管理，完成首批20名教职工的进编工作。全年共录用优秀毕业生68名。
　　江宁校区动物实验基地即将试运行并交付使用。新基础医学教学与科研楼、行政中心已完成主体验收。为江宁校区学生宿舍安装空调和热水系统，推进教职工附属医院就诊“绿色通道”建设，增加门诊部药品供应品种和数量。
　　中、英文知识发现系统和移动数字图书馆正式上线。成立南京医科大学图书馆联盟。为全校师生提供免费电子邮箱服务，向教职工免费开放使用学校无线网络。完成数字化校园与邮件系统、图书汇文系统、一卡通系统的集成。
　　以创建江苏省平安校园为抓手，全力维护校园安全稳定。学校各类案件发案数量较去年同期下降22%，全年无重大案件发生。推进大病医疗互助工作，为43位教职工发放大病医疗互助金，总额44.5万元。拓展基金会捐赠的来源与途径，全年募集各类办学经费2000万元。学校全年总收入89,598万元，总支出84,236万元，在职人员人均支出 （包括工资性收入、公积金、公费医疗、提租补贴、住房补贴等）118,520元。