学校标志由基本造型、中文标准字体、英文标准字体三部分组合而成。
　　标志由江西开头字母“J”的趋势线进行变化组合、艺术化处理中医的头字母“Z”，指明江西中医药大学特定的地理位置和专业的特征；“J”字逐渐衍变成展翅飞翔的大雁。
　　翻卷的书构成大雁的翅膀，指明中医药大学的教育行业特征；飞翔的大雁体现中医药大学志向高远、开拓进取、求强求精、追求卓越的精神。
　　“江中行舟，乘风破浪”，标志似扬帆远航的帆船，书海泛舟，索源蓄力，象征江中人一定能乘劲风、高扬帆，达到理想的彼岸。
　　标志上下部分阴阳交互，阴阳太极、生生不息，象征我国源远流长的中医药文化，寓意知识的无穷无尽和学校的美好前景。
　　标志色彩采用绿黑两色，绿展示了成熟与活力，代表自然和希望；黑色有着磐石般的稳重，两种颜色相互衬托，相映成辉，体现出团结拼搏、奋发向上的精神风貌。
　　中文标准字体选用中国元代著名书画大家赵孟頫的书法。赵孟頫博学多才，能诗善文，懂经济，工书法，精绘艺，擅金石，通律吕，解鉴赏。作为一位变革转型时期承前启后的大家，他师古创新，汲人所长，强调基础，勤于实践，注重转化，变古为今，交流融汇，开创了元代书画新风。他善篆、隶、真、行、草书，尤以楷、行书著称于世，其书风遒媚、秀逸，结体严整、笔法圆熟、世称“赵体”。与颜真卿、柳公权、欧阳询并称为楷书“四大家”。