“十一五”期间，理学院以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，全面落实科学发展观，全院师生团结奋进、励精图治，在教学、科研、人才培养等方面取得了显著成绩，续写了学院发展的新篇章。
　　教学工作迈上新台阶五年来，理学院紧紧围绕“人才培养”这一中心工作，以提高教学质量为目标，以教育教学为中心，以学科建设为龙头，大力开展教学改革，取得了明显成效。
　　在专业建设方面，学院分别于2007年和 2008年新增光信息科学与技术、光电子科学 2个国家级特色专业建设点。在课程建设方面，高等数学被评为吉林省精品课程，电动力学、线性代数被评为吉林省优秀课程，线性代数、大学物理被评为校级精品课程。
　　五年间，学院获得吉林省优秀教学成果三等奖1项、吉林省普通高等学校优秀教材一等奖1项、二等奖3项，兵器工业教材工作委员会优秀教材一等奖4项；光电子技术科学专业教学团队被评为吉林省优秀教学团队，数学基础课程教学团队和大学物理教学团队被评为学校优秀教学团队；2人被评为吉林省教学名师，1人被评为吉林省优秀教师。学院在高度重视课堂教学的同时，将教材建设作为更新课堂教学内容的重要方面，鼓励教师编写高水平、有特色的教材，全院教师编写出版教材5部。
　　教学质量的提高最终体现在人才培养质量上。五年来，学院教育教学质量稳步提高，人才培养成效显著。其中，在全国大学生数学建模竞赛中获国家级奖19项，在“挑战杯”全国大学生课外科技学术作品竞赛中获国家一等奖1项 ；在吉林省大学生课外科技学术作品竞赛中获三等奖1项。在全国大学生数学建模竞赛中，2人被评为“吉林赛区优秀指导教师”，1人荣获“优秀组织工作者”称号；学生在大学生创新实验计划项目中国家级立项14项、吉林省高等教育改革课题立项7项。学生考研率连年攀升，2006年考研率25.1%，2010年，考研率达到32.89%。
　　科学研究水平稳步提升“十一五”期间，在学院党委的正确领导下，在理学院全体教职工的共同努力下，科学研究水平逐年提升。
　　在高校竞争日趋激烈的形势下，能否获得重大科研项目资助成为衡量高校科研竞争实力的主要标志。“十一五”期间，理学院紧跟国家发展战略，进一步整合科研资源，认真组织申报各级各类科研项目，项目立项不断取得新的突破，共申报成功国防“973”项目2项、“863”基金项目2项，总装备部创新项目1项，国家自然科学基金项目10项。科研经费到款逐年递增，2006年经费到款为 400万，2007年增加到 500万，2008年为 700万，2009年为 1000万，2010年达1400万。
　　五年间，学院的科研平台建设成果丰硕。建成以张喜和教授为带头人的高能固体激光技术国防科技创新团队 1个，固体激光技术与应用省级重点实验室1个，固体激光技术与应用科技创新中心1个。教师在国内外刊物上发表学术论文348篇，其中被SCI收录78篇、EI收录45篇；申报专利381项，其中国家发明专利 33项；获得专利授权 14项，其中国家发明专利9项；出版学术专著5部。组织学术报告60余场，其中国外专家学术报告20余场。科研成果获国防科学技术二等奖1项、兵器工业科技进步三等奖1项、吉林省科技进步三等奖2项。
　　“十一五”期间，理学院与世界知名大学———美国纽约州立大学布法罗分校共同创办了“国际纳米光子学与生物光子学联合研究中心”，对提升学校在生物光子学、纳米光子学领域的研究水平具有重要意义。学院已开始招收国外研究生，目前在4个国家招收研究生6人，拓宽了国际化办学渠道，提高了学校的国际影响力。
　　学科建设与研究生教育成效显著“十一五”期间，理学院不断凝练学科建设方向，着力打造优势学科，以优势学科带动学科建设整体水平提高，研究生教育呈现出蓬勃发展的局面。
　　2006年，光学、物理电子学再次认证为吉林省重点学科，微电子学与固体电子学被批准为吉林省重点学科，物理学、电子科学与技术被批准为硕士学位授权一级学科；2007年，光学、物理电子学被批准为国防科工委重点学科，物理学、电子科学与技术设立博士后科研流动站；2008年，光学、物理电子学被批准为国防特色学科；2010年，电子科学与技术博士学位授权一级学科通过国务院学位委员会评审。通过一级学科的建设，实现了二级学科的覆盖，进一步拓展了学科建设的发展空间。博士后科研流动站的获批、重点学科和特色学科的申报成功与建设，进一步改善了研究条件及人才培养环境，提高了人才培养质量，提升了学科建设水平及层次，为学科的可持续发展奠定了坚实基础。同时，博士后科研流动站的设立对我校学科建设和高层次人才队伍建设具有重大意义。
　　五年间，学院采用引进和培养相结合的人才培养方式，学术队伍建设水平不断提高。新增“吉林省拔尖创新人才”1人、吉林省有突出贡献的中青年专业技术人才1人、教育部“新世纪优秀人才支持计划”入选者1人、吉林省高层次人才引进计划1人、吉林省中青年科技创新带头人培育人选1人，引进客座教授8人、博士11人，派出教职员工留学进修9人次。
　　学院积极树立以人才培养为核心的学科建设思想，研究生教育教学水平日益提升。在人才培养过程中，实行导师负责制，探索灵活多样、注重创新能力培养的研究生培养模式，五年来研究生在各种学术期刊及学术会议上发表论文近百篇，其中收入SCI、EI140余篇。研究生毕业论文100%实行盲审，提高了学生毕业论文的质量，获得省级优秀博士论文1篇，省级优秀硕士论文11篇。
　　学生工作硕果累累“十一五”期间，学院不断完善学生教育管理体制和运行机制，开展了形式多样的主题活动，加强大学生思想政治教育工作，引导学生树立正确的世界观、人生观、价值观。
　　学生工作办公室通过坚定的理想信念教育、全方位的新生入学教育、积极稳妥的就业教育、适时的心理健康教育，构筑青年学生的精神支柱。五年中，学院采取“党员论坛”、“集中培训”、“让党旗飘扬，让党员闪光”三大教育方式，展开“时政论坛”、“话剧表演”、“五个一工程”、“特殊党日”等丰富多彩的活动，切实做到党员“思想、能力、学习”三领先，充分发挥党员在政治思想上的先进作用、学习上的表率作用、学习生活中的骨干作用和班级中的核心作用。
　　五年里，感恩教育系列活动让同学们深刻认识到了感恩和给予的重要性。“代理妈妈”活动，帮助贫困孩子解决生活及学习上的困难，弘扬奉献、友爱、互助、进步的志愿精神，如今已成为学院特色品牌活动，迄今为止，帮助贫困儿童四十余人；“算算亲情帐，感知父母恩”活动，通过“短信传亲情”、“爸妈，我爱你们”征文、“谢谢你”演讲比赛等活动，让同学们表达对父母、对生命的感恩；“回报母校，关‘助’校友”活动，针对大四学生进行文明离校教育，同学们将不用的书本、笔记收集起来，赠送给其他年级的校友。低年级的同学耳濡目染，也用同样的方式来帮助自己的同学；感恩系列活动总结暨颁奖晚会，对活动中表现突出的个人及团体进行总结表彰，对一年感恩教育系列活动进行全面展示，让爱在同学们中间流淌。
　　“十一五”期间，学院始终坚持以学风建设为中心，努力培养高素质人才。通过开展系列教育、班主任培训、辅导员与任课教师沟通、学习困难学生跟踪帮助、组织学生参加科技创新等具体措施使学风建设有了长足进步，逐渐形成了“积极、健康、向上、有序”的良好风气。理学院学生工作办公室多次获得“优秀基层党组织”、“先进集体”、“五四红旗团委”等荣誉称号。