2003年11月学校第七次党代会以来，在党中央、国务院的亲切关怀下，在教育部和天津市委的领导下，学校党委团结依靠全校各级党组织、全体共产党员和师生员工，坚持“求精求强、注重特色”的发展思路，坚持“抓发展、保稳定、促和谐”的工作要求，围绕“建设国际知名高水平大学”的奋斗目标，稳步实施“五大战略”举措，求真务实、攻坚克难，推动各项改革和事业发展取得显著成就。
人才培养成绩突出，教育质量不断提升
坚持内涵发展道路，基本稳定本科生规模，适度扩大研究生规模，保持了学生培养层次与结构的相对合理。教学中心地位得到巩固，教学基础和教风学风建设得到加强，学校接受第二次本科教学评估并获得优秀评价。认真贯彻落实中央16号文件精神，思想政治理论课教育教学改革富有成效，学生思想政治教育模式不断创新，学生工作队伍建设得到加强，学生思想道德素质得到提升。坚持“课堂教学、校园文化、社会实践”三位一体人才培养模式，注重人文素质与科学素质教育有机融合，塑造学生的健全人格。积极实施科研百项工程，承办第十届全国“挑战杯”等重大活动，调动学生学习创新的积极性。研究生分类培养方案稳步实施，培养机制改革深入推进，博士生淘汰机制成为保障培养质量的重要措施。新增一批国家级教学团队、国家级教学名师奖获得者、国家级精品课程、国家人才培养基地和国家级实验教学示范中心，逐步形成了高水平的教育教学体系，获得国家级教学成果奖20余项。
　　学科优势得到巩固，科学研究成果丰硕
坚持以学科建设为龙头，本科专业和硕士点、硕士专业学位点、博士点及博士后流动站数量持续增长，国家重点学科数量发展到6个一级国家重点学科（覆盖35个二级学科）、9个二级国家重点学科、2个二级国家重点培育学科；化学、数学、历史、经济学等优势学科在全国高校学科评估中名列前茅，生物技术、环境保护、新材料新能源、现代物流等相关领域新的学科增长点发展势头良好；中国旅游管理干部学院整建制并入，旅游服务学科得到加强。“药物化学生物学”国家重点实验室获批立项建设，新增一批省部级重点实验室、研究中心和培训基地；7个国家文科创新基地和一批与国家部委共建的文科研究基地在服务国家战略中发挥重要作用。学校自主创新能力和承担重大科研项目的能力显著提高，科研经费由2004年的1.97亿元增加到2010年的4.25亿元。在各学科最高级别刊物发表论文篇数大幅增加，SCI和CSSCI期刊发文量和引用次数稳居全国高校前列。在数学、生物、化学、应用物理和经济管理等领域取得一批具有重大影响的标志性成果，获得国家自然科学奖、国家科技进步奖、国家技术发明奖等国家级重大奖励10项，获得高校人文社会科学研究成果奖等省部级以上奖励数百项。参与马克思主义理论研究和建设工程受到表彰，在服务国家战略需求和天津滨海新区开发开放中发挥了积极作用，一批高质量的咨政研究报告得到党和国家领导人的批示肯定。
　　队伍建设成效显著，师资力量日益雄厚
坚持人才强校战略，培养与引进并重，推动师资队伍建设和管理干部队伍建设，深化人事制度改革，实现了编制内的合同聘用制。教师队伍基本完成新老更替和结构转型，学缘学历结构和职称结构得到明显改善，拥有博士学位的教师比例已经达到74.6%，一批优秀中青年骨干成为教学科研的中坚力量，海内外高水平人才引进力度不断加大。目前，拥有专任教师1995名，包括两院院士、“973”和“863”计划首席专家、马克思主义理论研究和建设工程首席专家、国家“千人计划”入选者、长江学者特聘教授等一批领军人物，基本形成了素质优良、学术精湛的高水平师资队伍。
　　交流合作活跃深化，学校影响稳步提升
坚持开放性办学理念，与270多所海外知名院校和科研机构建立学术交流与教育合作关系。聘请了一批海外专家来校工作，派遣师生赴境外参加学术会议、从事合作研究或攻读学位等六千多人次，对外交流的层次、质量和效益得到提高。举办第八届中欧工商论坛、中日大学校长论坛等两百余次国际会议或国际活动，接待国际来访六千多人次。承建7所海外孔子学院，建立了国家“跨文化交流研究与培训基地”。留学生教育规模不断扩大，招收各类留学生1.7万人，培养层次和培养质量位居全国高校前列。
　　学校先后与云南、海南、新疆、贵州、辽宁以及国家旅游局、国家统计局、国务院新闻办、交通银行、解放军301医院等省市和部门，开展多种形式的交流合作，拓展了服务社会的领域和层次。尤其是通过构建服务平台、承担专项任务、挂职锻炼等方式，形成了多层面、全方位服务天津发展的联动机制，与地方政府合作创办的滨海学院已经发展成为全国优秀独立学院。
　　新校区规划立项启动，和谐校园建设深入推进
学校抓住历史机遇，积极工作、努力争取，赢得教育部和天津市的鼎力支持，推动新校区的酝酿选址、规划立项取得重大进展，一期建设即将全面开工。坚持开源节流的工作思路，在面临很大财政压力的情况下，积极开辟筹资渠道，办学经费收支规模逐年扩大。2010年与2003年相比，办学经费收入增加9.85亿元，增长了118.73%；办学经费支出增加9.63亿元，增长了134.86%。其中，人员经费支出增加6.05亿元，增长了189.50%，教职工工资待遇和学生资助水平稳步提高。深化后勤体制改革，组建接待服务中心，学校后勤服务保障能力得到有效提升。推进校办产业清理改制，原允公集团遗留问题得到实质性解决。附属中学、附属小学实现整体搬迁，优化了办学环境。第二主教学楼、综合实验楼、新体育中心、西区学生公寓等陆续建成并投入使用，学生学习和生活条件得到改善。图书馆现代化水平不断提高，数字化校园建设顺利推进。
　　有效发挥校园媒体的思想教育和舆论引导作用，成功举办建校85周年暨百年南开庆典、90周年校庆等重大活动。切实加强软环境建设，努力营造有利于人才成长、干事创业的良好氛围。积极推进校务公开和民主管理、民主监督，多渠道发挥学术委员会、教代会工会、共青团组织、学生会和离退休老同志的重要作用。高度重视和谐稳定，全面加强思想政治工作，主动关心解决与师生切身利益相关的实际问题。全面加强校园交通秩序整顿和综合治理，依法妥善处置若干敏感问题、突发事件，营造了平安、和谐、稳定的发展环境。
　　党的建设全面加强，党的工作卓有成效
认真学习贯彻党的十六大、十七大精神，扎实开展保持共产党员先进性教育活动、深入学习实践科学发展观活动，正在积极开展创先争优活动和学习型党组织建设，以优异成绩通过天津市高校党建工作评估。坚持用中国特色社会主义理论体系武装师生头脑，各级领导干部和广大党员的思想政治素质得到提高。科学调整支部设置，优化基层组织结构。坚持开展“创最佳党日”活动，着力在“双高”人员和青年学生中发展党员，探索建立了符合南开实际的党员发展和党员教育机制。
　　制订并实施《中共南开大学基层支部工作细则》，在全国高校率先制订施行《南开大学专业学院工作细则（试行）》，党的制度建设全面深化。领导班子和干部队伍建设得到加强，坚持党委领导下的校长负责制和民主集中制，建立了校领导班子年度工作总结和述职制度、重大事项报告制度，完善了各级党组织的民主生活会制度，健全了领导干部联系基层、服务群众制度，积极推进党内民主和党务公开，干部选拔、培养、任用、考核与监督的规范化水平逐步提升。进一步夯实党的统一战线工作基础，充分发挥民主党派和统战人士的积极作用。
　　深化学校惩防体系建设，整体推进反腐倡廉工作。不断强化党风廉政建设责任制的贯彻落实，深入开展有针对性的廉洁教育，围绕领导班子议事规则、决策程序及财务、招生、采购、基建等重点领域，着力完善制度，规范管理。积极推进招投标管理体制改革，认真开展“小金库”和商业贿赂专项治理，严肃查处了一批重要案件。
　　截至2011年6月底，全校共有33个分党委（党总支），575个基层党支部，党员总数达到1.33万名，与2003年相比增长了84.8%。先后有523个基层党组织、443人次获得校级以上表彰，学校党的建设工作多次受到中央领导同志和教育部、天津市的表扬与肯定。