“十一五”期间，制药工程系紧抓机遇，同心同德，努力工作，创建特色品牌，形成了办学规模、人才培养、教研科研和社会服务相适应的师资队伍，教学质量日益提高，科研水平显著提升，学生就业率年年100%，成为我校招生与就业热门专业之一。
　　学科专业建设：“十一五”期间，制药工程系专业设置方面取得重大突破，从一个畜牧兽医专科专业发展为动物医学、制药工程两个本科专业和畜牧兽医、生物制药技术两个专科专业，兽医学科被学校评为菏泽学院第一批重点学科，另外在基因工程、动物营养与饲料等学科也获得迅速发展。
　　同时，制药工程系先后建立了6个专业实验室及1个畜禽疾病研究所，包括基础兽医实验室、临床实验室、预防实验室、营养与饲料实验室和遗传育种与繁殖实验室。“十一五”期间共购进仪器设备200余万元，配置了多项大型高精密仪器设备，如PCR仪等，利用这些设备，目前可以开展和从事生化、基因工程等尖端的边缘性试验教学和研究。
　　师资队伍建设：目前，制药工程系现有专兼职教师28名，其中教授2名，副教授9名，博士研究生2名，硕士研究生17名，校级学科带头人2名，校级学术青年学术骨干2名，师资队伍、学历层次日益提高。“十一五”期间，先后引进高层次人才8名，其中博士1名，硕士7名；选派多名教师到中国农业大学、北京林业大学、山东大学、山东农业大学学习进修，其中，到丹麦参加科研合作的有1名。
　　教学科研工作：制药工程系坚持抓好教学常规管理与检查，认真制定各教学阶段及教学环节工作的实施计划和检查方案，制订了《动科系教学委员会工作条例》，形成了听课、督导检查制度，检查任课教师课堂教学、教学改革、教学进度、教案编写、学生作业布置及批阅等教学情况，召开学生座谈会，认真听取学生对任课教师及系和学院教学管理的意见，并提出了整改方案，同时以适当方式向有关教师和部门做了反馈，保证了正常的教学秩序。
　　五年间，制药工程系先后在省级以上刊物发表教学及科研论文210余篇，其中国家级中文核心期刊160余篇，发表在SCI或被其收录10篇。由山东省教育厅、菏泽市科技局、菏泽学院等结项的科研项目18项，其中山东省教育厅2项，菏泽市科学技术局5项，菏泽学院项目7项，科研经费达到80余万元，目前在研项目还有6项。
　　实践与就业工作：制药工程系根据本专业的技术性、专业性特点，积极开展随堂实习、课程实验、基地参观、教学集中实习等多种形式，积极与菏泽市兽药饲料监察所、菏泽市兽医站、菏泽市种羊场、烟台益生种畜禽有限公司、青岛正大种鸡厂等建立实习基地，提高了学生动手实践能力。紧密配合学校招生就业部门，做好毕业生就业指导工作，建立了毕业生就业跟踪调查档案，主动为毕业生联系就业单位，帮助学生减轻就业压力。仅2009年12月份举行的2010届毕业生与用人单位供需见面会，参加用人单位30余家，共提供300多个岗位，初步签订就业意向的的人数为106人，初步意向达成率100%，一次实际就业率为100%。
　　服务地方行动：制药工程系充分利用我校畜禽研究所良好的社会声誉和知名品牌，审时度势，提出了为加快畜牧业发展，推进农业结构战略性调整，开展义务诊疗服务活动，有力地推动了我市畜牧业向规模化、产业化方向的发展，创造了良好的经济效益和社会效益。在学校组织的大学生科技下乡服务团活动中积极围绕良种繁育、禽畜防疫、饲料兽药供应提供免费的科技服务。2006年至今制药工程系师生共举办各类养殖培训班32期，接受各类养殖培训的达50000余人，有效地提高了养殖户科学养殖和管理水平，也为优化养殖业发展环境提供了坚强有力地服务保障，有力地推动了畜牧业的健康发展。