“十一五”期间，学校实施“科研兴校”战略，确立了科研工作在学校发展中的重要地位，努力提升我校科技创新能力和学术水平。加快了重点学科、重点实验室、学科带头人和中青年学术骨干队伍建设步伐，完善了科研管理制度，加大科研经费投入，学校的科研实力和学术水平得到显著提升。
　　1.科研投入大幅增加，项目层次不断提高“十一五”期间，我校共获得教育部、省自然科学基金委、省科技厅、省社科规划办、省教育科学规划办等省部级科研项目36项，是“十五”期间的17倍，完成了“争取30项省级以上课题”的目标。另有包括国家级课题等4项协作项目。在省部级立项增加的同时，科研经费有了大幅度的增加，“十一五”期间共争取上级课题经费119万元，是“十五”期间的13倍。获得省教育厅、省文化厅、市科技局等市厅级项目79项。学校启动科学研究基金资助计划，对各级各类科研项目进行经费匹配，加强重点学科、重点实验室建设，共投入科研经费1200余万元，约是“十五”期间的10倍，超额完成了科研经费增长目标。
　　2.科研成果数量剧增，学术水平明显提高“十一五”期间，我校教师和科研人员在国内外学术期刊上公开发表研究论文3273篇，是“十五”期间的2倍。其中，在《中国科学》发表论文6篇，在核心期刊发表论文716篇，被国际三大索引数据库收录论文235篇，被美国科学引文索引收录的论文116篇，完成了“核心期刊论文数量占论文总量30%以上，其中被国际三大索引收录100篇以上”的“十一五”规划目标。出版专著、教材、工具书103部。获得国家专利9项，其中发明专利2项。省级鉴定成果30项，分别达到国内领先和先进水平。获得各级各类科研奖励416项，其中省自然科学奖、省科学技术进步奖等省级奖6项，厅级奖268项，校级奖142项，与“十五”相比，在科研成果获奖数量和等级方面都有大幅度提高，充分显示了我校在某些学科领域的科研实力和学术水平。
　　3.规章制度逐步健全，科研管理更加规范“十一五”期间，学校加强科研管理制度建设和管理队伍建设，科研管理水平明显提高。先后制定了《菏泽学院科研项目管理暂行办法》、《菏泽学院科研工作奖励暂行办法》、《菏泽学院学科带头人和中青年学术骨干选拔管理暂行办法》、《菏泽学院科研研究项目成果鉴定和结项办法》等20余项规章制度，成立了校、系两级学术委员会，科研管理工作逐步走向科学化、制度化、规范化，使我校科研工作健康有序地快速发展。
　　4.重点建设明显加强，科研团队基本形成“十一五”期间，学校加强重点实验室、重点学科、重点研发基地的建设和管理。理论物理学被评为省级重点学科，新建了量子信息与物理计算、天然资源化学研究与应用、动物生物学等5个校级重点实验室，分析化学、物理化学、微生物、中国古代文学、会计学等16个校级重点学科，建立了50余个研发基地，培养了30位校级学科带头人和30位校级中青年学术骨干。科研团队建设取得了显著成效，在黑洞理论、天然产物的研究与应用、区域经济、牡丹文化、水浒文化研究等方面形成了结构合理、科研能力强、科研水平较高的多个科研团队，取得了一批高质量的科研成果。“十一五”期间，有1人获得国务院政府特殊津贴，2人获得 “山东省有突出贡献的中青年专家”称号。学校共邀请国内外近三百位专家学者作学术报告，参加国内学术会议50余次，加强了学术交流，提高了学术水平。