1966年5月16日，党中央“五一六通知”发表后，院党委成立了“文化大革命”办公室，各系、科、室相应成立了“文化大革命”工作组。

1966年8月15日，近百名学生退出院党委召开的大会，到吉林大学去声援那里造反派的“革命行动”。20日，校内成立了第一个造反派群众组织———红卫兵纵队，不久改名为“八一五”革命造反大军。持相反观点的保守派学生则成立了红卫兵大队，教职工中也成立了“七一”战斗队、“八二九”战斗队等群众组织，“革”与“保”的斗争愈演愈烈。在“破四旧”“立四新”和“横扫一切牛鬼蛇神”的口号下，造反派通过戴高帽游斗、抄家等多种粗暴的斗争形式揪斗领导干部和老教师，对他们进行精神摧残和肉体折磨。造反派还抬着档案室的铁柜去省委，用镐头当场刨开，声称要取出院党委整他们的“黑材料”。

同年9月，在造反派的反复折腾下，整个学院的工作陷入瘫痪状态，一切教学、科研活动和党的组织生活被迫停止。造反派学生还逼着已经没有实权的一些党委成员开会，作出开除保守派学生党员党籍的决定。11月，保守派群众组织红卫兵大队和“七一”战斗队等基本上被压垮，大部分人被迫离校。

1967年的8、9、10三个月，长春市的武斗上升到两军对垒、动用枪炮阶段，大型武斗连续发生，人身安全没有保障。在这种情况下，绝大多数师生被迫离校回家。学院在这一年多的时间里，出现了所谓“一不斗、二不批、三不改”的局面。学生不能上课，教职工不能上班，全院处于无政府状态。这期间，大量仪器设备、图书、食堂、武器库、医药品库等被砸被抢，大量珍贵资料流失，校园内一片萧条残败景象，公共财产损失严重。

1968年9月3日，吉林省革命委员会组成一支以吉林柴油机厂工人为主体、吉林军区二师解放军指战员参加的百余人的工军宣传队进驻学院，接管学院的党、政、财、文大权。然而，工军宣传队进驻学院，不是为了结束“文化大革命”，而是要完成“打破资产阶级知识分子独霸的一统天下”“彻底摧毁资产阶级的教育制度，胜利完成学校的斗、批、改任务”。他们在“千万不要忘记阶级斗争”的口号下，在学院搞深揭深挖阶级敌人的所谓“清理阶级队伍”运动，制造了一起又一起的冤案，许多干部、教师无辜地蒙受不白之冤。“清理阶级队伍”运动进行了整整10个月。运动期间，整个学院笼罩着白色恐怖的气氛，给干部、教师的精神和肉体造成了极大的伤害。

在“文化大革命”席卷全国的社会大背景下，年轻的长春光学精密机械学院无论如何也无法独善其身。从1968年长春光学精密机械学院革命委员会成立，到1977年工军宣传队撤离学院的9年时间里，学院教学科研设备遭到重大破坏，干部教师饱受冤屈，学院遭遇了发展史上最大的浩劫。然而，我们欣喜地看到，在这场灾难里，学院仍然有许多干部、教师和学生从各个角度对“文化大革命”进行了不同程度的抵制。他们在极端艰难的环境里，继续潜心从事教学、科研，竭尽所能地推动学院发展。我们不会忘记，光机人曾在这场历史灾难中展现的正直善良、坚毅自强。让历史来作证，这些品质将同他们苦心孤诣保护的校园一起，永远昂立在祖国的春城。