定位是大学发展之基。2003年校第五次党代会明确提出建设教学研究型大学的办学目标，一方面是因为我们已经具备了向教学研究型大学转变的实力和水平；另一方面，建设教学研究型大学是我校把握校情、遵循高等教育发展规律，经过反复论证提出来的。
　　2008年，校第六次党代会，根据安医大的发展现状和与全国同类院校的比较，学校再次提出办学定位由“以教学为主的教学研究型医科大学”向建设“特色鲜明、国内先进教学研究型医科大学”转变。
　　一、我校已处在教学研究型大学的办学阶段我校从“类”上看,以医学学科为优势，拥有一批国家级和省部级重点学科和重点（特色）专业，一些学科建立了从博士后、博士、硕士到本科生的完整的人才培养体系；从“型”上看,具有较强的研究实力，科研规模不断扩大，近些年，主持承担了“973”、“863”、国家科技支撑计划等一批国际、国家重大项目。皮肤病学、药理学等多领域研究已处于国际、国内前沿水平。从我校承担的大学职能倾向来看，我校已处在教学研究型大学的建设阶段。
　　1、人才培养：我校在层次上以培养本科生为主，着重培养技术应用与技术创新型高级专门人才；积极发展研究生教育，重在促进学科建设与提升本科教育质量。我校在校生共16442人，其中博士生148人、硕士生1900人。现已形成涵盖博士、硕士和学士完整层次的学历教育。并且拥有国家级或一批省级教学名师，及一定数量的在我省乃至全国享有较高学术声望的教授。
　　2、科学研究：我校在培养人才的同时，大力开展科学研究，重在技术应用与技术创新。2006～2008年，学校累计科研项目经费7017.93万元，其中纵向课题项目经费数为6819.4万元；近三年承担国家自然科学基金项目、“863”计划、“973”计划及国家科技支撑计划等89项，支持经费3134.4万元。2007年，我校发表国内科技论文1612篇，全国高校排名第49位，首次进入全国高校50强，在全国医药类院校中位列第12位。人均科研项目数、科研经费数、高水平论文数均达到《中国大学排名》对教学研究型大学科研的分类标准。
　　3、社会服务：我校以技术应用和科研成果积极为地方建设、区域经济和行业发展做贡献，不断发挥医药科研服务社会民生的专长，努力加快大医院集团建设，加快医药检科技成果的推广，推进安徽省生物医药产业的发展。是安徽医疗服务、医学科研的重要先导和中坚支撑力量，为安徽省人民健康做出了瞩目的贡献。
　　二、我们要正确认识教学与科研的辩证关系1、教学对科研的推动作用⑴教学的目标和要求是推动教师从事科学研究的动力人才培养的目标和教学知识的需求是推动教师从事科学研究的动力之一。
　　⑵教学的过程是对科研精神和科研成果的传播和验证。
　　⑶教学有助于教师将科学知识系统化并为科研带来启发。
　　2、科研对教学的促进作用⑴科研有助于革新教学内容，推动教学改革，有效提高教学质量。
　　⑵科研有助于提高教师的教学水平和学术品位。
　　⑶科研有助于革新旧的学科，催生新的学科，提高教学的知识覆盖面。
　　三、我校建校实践证明：科研事业发展对教学研究型大学建设起到了有力的支撑和提升根据《中国大学评价》发布的年度高校排名，2004年我校在全国医学院校（含合并医学院校的综合性大学，下同）排名第35位，处于C+层次第6位；2005年我校全国排名第37位，处于C+层次第1位；2006年我校排名上升至第30位，处于B级第4位；2008年，我校全国排名第28位，处于B级第3位；2009年，我校排名已跃升至全国第23位，居B级第1位，且自然科学研究排名首次位居省属高校首位。评价分项指标显示，科研在我校大学排名进位中的权重作用不断加强。
　　1、科研事业发展加快我校特色学科群及完整的人才培养体系构建。
　　2、科研事业发展加快我校高素质人才队伍汇聚和建设。
　　我校现有专任教师队伍中具有博士、硕士学位的教师已占63.75%，有3人分别担任中华医学会皮肤性病专业委员会、中国药理学会临床药理专业委员会的主委、中华预防医学会卫生事业管理分会主委，4人入选国家“百千万人才工程”第一、二层次人选，5人入选教育部高校医药学科指导委员会专家。
　　3、科研事业发展支撑我校高水平的知识创新和技术创新平台搭建。
　　截止至2008年，我校已连续七年保持国家自然科学基金立项稳步递增，连续五年位居省属高校首位。我校现已建有2个教育部省部共建重点实验室（其中1个已于近期通过教育部验收）、13个中央（财政部）与地方共建实验室，17个省级以上（重点）实验室（工程技术中心、科技公共服务平台）。
　　4、科研事业繁荣我校对外合作交流，扩大学校的知名度。
　　近年来，我校仅承办的大型学术交流活动即有：2002年承办人事部“百千万人才程”暨生物医药学术研讨会、2005年承办全国实验皮肤病学术年会。2006年主办大型学术校庆主题学术活动等。今年4月，安徽医科大学与德国乌尔姆大学第二届学术交流会议成功举办。目前，学校已同德国、瑞典、美国、加拿大、日本、韩国以及台湾、香港地区的高等院校开展了密切的交流，形成了稳定的实质性合作交流关系，双方互派专家学者、互派学生、相互交流信息资料、共同开展科研合作。
　　四、实现教学与科研在我校和谐发展1、以教学与科研为中心，将教学与科研融为一体。
　　2、建立教学与科研之间相对平衡的激励机制。
　　要协调教学管理与科研管理中的矛盾，出台一些有利于教学与科研共同发展的政策，认真研究和制定教师的教学和科研工作评价指标体系，提高教师业绩考核标准的科学性、可行性，合理确定教学和科研在考核、职称晋升中的权重，引导、督促教师端正教学科研态度，提高教学科研水平。我校从“十五”之初便开始着手激励机制探索，实施校内年终岗位业绩津贴、国家级科研项目配套、“973”计划“863”计划申报引导基金等制度，并已收到显性成效，推动我校整体实力和综合建校水平不断攀升。