一百一十年前，中国内忧外患，封建统治摇摇欲坠，西方列强鹰犬环伺，为救亡图存，一批进步开明的知识分子认为“富强唯教育”，主张学习西方，改革教育。经过洋务运动和甲午战争的失败，使封建统治者认识到中国教育的空疏无用，下诏宣布“变法”，实行新政，改科举，废八股，兴办学堂。正是在这样的历史背景下，山东高等农业学堂如一颗有着无限生命力的种子，穿破封建统治的冻土应运而生。
　　清光绪三十二年（1906年）一月，山东商务议员、农工商务局总办朱钟琪奉山东巡抚杨士骧之命，筹办济南农林学堂，是年八月定名为山东高等农业学堂。九月，前翰林院编修、直隶补用道、时任直隶学务处参议兼直隶高等学堂监督的王景禧调任山东高等农业学堂监督，该堂的其他12名职员、8名教员亦于九月前后到堂。九、十月间，山东高等农业学堂开始招生，先设中等农、林、蚕三科兼令补习普通学，三年毕业，升入本科，亦三年毕业。
　　宣统三年（1911年）王景禧卸任，由前翰林院编修、山东茌平人马荫荣接任山东高等农业学堂监督。民国二年（1912年）山东高等农业学堂的监督为张岩南。
　　1913年6月，山东巡按使根据国民政府教育部的规定，将山东高等农业学堂易名为山东公立农业专门学校，校长仍为张岩南。1914年，山东高等学堂（山东大学的前身）奉令停办，部分师生分别转入清末民初陆续成立的山东公立农业、工业、商业等六所专门学校。
　　自1913年至1926年，山东公立农业专门学校毕业农学本科9个班、林学本科11个班，蚕学本科6个班，制丝本科1个班，农学预科3个班，林学预科1个班，甲等蚕业1个班以及农、林、蚕三科讲习科14个班，共计学生1774人。历任校长为张岩南（1913－1915）、周秉琨（1915－1917）、巩秉秋（1917年春）、郭宝琳（1917年秋－1926年）。
　　1926年，奉系军阀张宗昌督鲁，下令在省城济南重建山东大学。是年7月24日，山东省教育厅指示将山东公立农业、工业、商业、矿业、法政、医学六所专门学校合并，改建为省立山东大学，校长为当时的教育厅长、清末状元王寿彭。
　　省立山东大学成立后，设农、工、医、法、文五个学院，共十三个系，农学院下设农学、林学、蚕学三系，仍在济南东关外七里堡原山东公立农业专门学校校址办学，院长为日本早稻田大学毕业的原山东公立农业专门学校校长郭宝琳。
　　1929年，南京国民政府教育部采纳蔡元培先生的建议，指令将国立山东大学筹委会改为国立青岛大学筹委会，决定收用私立青岛大学的校产、校舍，将省立山东大学迁往青岛，并更名为国立青岛大学。
　　1930年4月，国立青岛大学正式成立（1932年又改为国立山东大学）。农学院设研究、推广两部及农事试验场，暂不招收本科生，院址仍设于济南原山东公立农业专门学校校址，院长为曾省。
　　1937年7月，中日战争全面爆发，国立山东大学奉命由青岛迁往安徽安庆，再迁四川万县，1938年2月奉令停办。设于济南的研究、推广两部及农事试验场沦于敌手，成为日伪华北农事试验总场济南支场。1939年9月，山东日伪政权利用该场西院，成立了山东济南农业职业学校，1941年更名为山东省立高级农业职业学校，并延续至1948年与山东省立农学院合并。在该校存在的9年中，校长几经更迭。首任校长为涂鸣，继任校长为姜学海、秦振寰、高中行、张文达、王子彝。1945年国民党接收后，又先后任白孟龙、孙景洛为校长。
　　1945年日寇投降，1946年国立山东大学在青岛复校，仍设农、工、文、理、医五个学院，农学院院长为李善勤。农学院下设农艺系 （系主任陈瑞泰）、园艺系（系主任盛诚桂）、水产系（系主任朱树屏）、农场（场长孙中信）。另设农场于青岛城阳。
　　1947年9月，国民党山东省政府在济南成立山东省立农学院，任闫若珉为院长。该院设农艺、园艺、林学三个系，有教职员60人。9月20日开始招生，录取学生120人。
　　1948年9月24日济南解放，中国人民解放军军事管制委员会派工作队进驻山东省立农学院，对该院实行接管。同年10月15日、11月14日、1949年11月，省立高级农业职业学校、青州农业专科学校、黄河水利专科学校先后并入省立农学院。至1952年全国院系调整前，山东省立农学院设有五个系、六个专修科，即农艺系、园艺系、森林系、农化系、水利系和水文专修科、测绘专修科、气象专科修科、会计学专修科、林业专修科、畜牧兽医专修科。有专任教师105人，其中教授17人，副教授22人，讲师32人，助教34人。学院负责人为刘春安，不久刘春安奉命南下，遂由山东省实业厅副厅长耿光波兼任院长。院党总支书记华山（兼副院长）。1950年10月，根据教育部通知要求，山东省立农学院更名为山东农学院。
　　1952年全国院系调整，山东大学农学院、齐鲁大学农业专修科、南京大学园艺系果树组和金陵大学园艺系先后并入山东农学院，组建新的山东省农学院，设有农学系、园艺系、林学系等七个系和林业、畜牧兽医、农田水利等五个专修科。全院有教师145人，干部职员112人，工人152人，学生1175人。院党委书记华山、院长陈瑞泰。由于师生的大量增加，原来的校舍不敷应用，学院由桑园迁至济南洪家楼。
　　1958年9月29日，根据省委通知要求，山东农学院由济南洪家楼迁来泰安现校址，并与设在泰安的山东林学院、山东畜牧兽医学院、泰安农业学校、山东省济南水利学校（亦刚由济南迁来泰安）四所学校合并，成立山东农业大学。1959年5月仍恢复山东农学院及农、林、牧、水四所中专学校。从1959年至1966年“文革”前，在校生一直稳定在1600余名。
　　1966年，“文化大革命”爆发，9月，学院及各系先后成立了“文革”领导小组。在红卫兵组织的冲击下，学院党政组织陷于瘫痪，各项工作陷于停顿，学校停止招生5年之久。至1971年，始有第一批418名工农兵学员入校，1977年恢复高考后，学院在校生达到1474人。
　　党的十一届三中全会以后，学校全面恢复和建立了正常的教学秩序，主动开展综合改革，以智力和科技优势进入经济建设的主战场，在教学、科研等方面取得了较好的成果。
　　1983年9月，经省委、省政府批准，山东农学院更名为山东农业大学，校党委书记先后为王成旺、陈挺、刘龙驹，校长先后为陈瑞泰、施培。学校设农学系、植保系、园艺系等8个系、2个教学部，有教职员工1959人，学生2206人。
　　1995年以后，学校不断更新教育思想观念，深化改革，促进了学校的发展。这个时期，学校党政负责人为李毓椿、邹琦。1997年后，学校党委书记为盖国强，校长先后为冯承明、温孚江。
　　1999年底，根据省委、省政府指示，山东农业大学与山东水利专科学校合并，山东省林业学校并入，组成新的山东农业大学，直至今天。学校党委书记先后为盖国强、苗仲华、邢善萍、徐剑波，校长为温孚江。学校党委、行政抓住国家深化改革和高等教育加快发展的大好时机，抢抓机遇、改革创新，大力推进内部管理体制机制改革，坚持走内涵发展道路，全面提高教育质量，不断实现学校事业的新跨越。期间，2003年建成南校区并投入使用；2006年，举行了百年校庆；2012年，学校成为农业部、国家林业局和山东省人民政府共建高校，学校首批获批山东省应用基础型特色名校建设；2015年，《山东农业大学章程》，核准通过成为学校依法自主办学、实施管理和履行公共职能的基本准则；2016年，“双代会”审议通过《山东农业大学 “十三五”发展规划》，为学校未来发展描绘了新的蓝图。
　　经历百余年的风雨冰霜，当年的幼芽如今已经成长为根深叶茂的参天大树，她是中华民族百年来变法、求强的历史产物，是几代农大人艰辛培植、精心呵护的结果。“人事有代谢，往来知古今”，通过回顾我校百余年来的历史，将会更加激发我们对学校的热爱，更加激发我们为中华民族的伟大复兴、为加快学校发展而更加积极工作的热情，奋力争取无愧于先辈、无愧于时代的新业绩、新成就！