正当山东农学院各项事业蓬勃发展的时候，1957年夏天，一场全国规模的“反右”运动，如暴风骤雨般猛烈地开展起来。运动中，师生平时向组织所提的诸如食堂伙食不好之类的意见，也被当作右派言论。在整个“反右”运动中，全院共有25名教职员、43名学生被划为右派，伤害了一大批知识分子，影响了教学科研的开展，严重挫伤了人们的工作积极性。
　　运动的高潮一浪高过一浪，“反右”运动尚未平息，1958年又掀起了人民公社化和工农业生产大跃进的高潮。3月18日，山东农学院根据省委指示进行了动员，开始停课搞大跃进。在咄咄逼人的形势下，人们受鼓动通宵达旦地写大字报、表决心，大搞“科研”，大炼钢铁。农学院是学习农学的地方，对“人有多大胆，地有多大产”的口号，对亩产万斤粮的“放卫星”感到迷惑不解，左右为难。华山书记好心地对下放农村的师生悄悄地说，到农村后要虚心向农民、向实践学习，多干少说。因为怕被别人说思想不解放右倾保守，有的人也只好昧着科学的良心瞎说。动员大会仅3天后，学院就报出包括母鸡一天能产4个蛋在内的866个“科研”项目。运动过后，校园里一座座炼铁炉高矗，炼成的一块块铁渣遍地横陈，一片狼藉。
　　到了这年的8月，省委决定：“山东农学院迁往泰安，师生到农业社半农半读，立即行动，越快越好。”当时全院有学生1500多人，教职工 300多人，还有几百名家属老幼，而要去的泰安只有泰安党校和农校腾出的不足两万平方米的校舍，近三千人的学校不要说上课、生活，就是硬塞也塞不进去。面对这样的现实，有的人却说现在全国都在搞大跃进，我们搬家也要搞大跃进，争取用3天时间搬完。老成持重的华山书记曾向省里建议等泰安扩建部分校舍后再搬迁，听了这些人不切实际的发言，气恼地说：“只要散不了摊子，搬就搬吧。”因为这样一句实事求是而又带些不满情绪的话，1959年他被定为犯有严重右倾错误，降职到肥城县委任副书记。
　　10月份，学院匆匆搬来泰安，腾出的校舍让给从青岛搬到济南的山东大学。自1950年山东农学院由桑园迁来洪家楼，历时8年时间，这8年多的时间里，山东农学院克服困难，苦心经营，在这里先后建起了较高标准的教学楼、教工宿舍和学生公寓，这些建筑有的至今仍为山东大学正常使用。
　　迁来泰安后，校区内只有几十排平房，几眼土井，三千多人学习、生活实在难以解决。1400多名师生只好下放到农村实行半农半读，而搬迁来的大批图书、仪器、设备只好堆放在临时搭建的大蓆棚内，任凭风吹雨淋，造成大量物品的惨重损失。
　　更大的灾难还在后面。1966年夏，“文化大革命”以排山倒海般的气势，迅猛扫遍全国。6月13日，山东农学院学生国恕连张贴出 “院党委的同志可信任吗”的大字报，揭开了山东农学院造反夺权的序幕，学校党组织陷于瘫痪，所有的党员领导干部都被打成走资派，群众组织的代表开始行使行政权力。随之，武斗不断升级，学院的形势一发而不可收。
　　就是在这种严酷的政治形势下，许多老专家老教授白天挨批斗，晚上躲在家里钻研业务。他们热爱自己的专业，忘不了自己的责任，不相信我们这个有着五千年灿烂文明的国家会与科学绝缘，历尽磨难不改当年科学报国的初衷。1971年，正是文化大革命进行得如火如荼的时候，余松烈教授来到滕县龙阳公社沙土村，在这里，他一住就是4年。在这4年里，他为滕县举办了三期小麦培训班，培养了150多名学员。他还结合生产实际搞科研，进行小麦精播实验，经过几年的不懈努力，使这项技术比传统的栽培技术每亩节省十多斤种子，增产10%以上。这一成果，在1978年获全国科学大会奖。包文翊教授在简陋的温室里进行小麦品种培育，一连几个春节都是在温室里度过的。为了缩短育种时间，他每年都要乘坐40多个小时的火车，到青海进行加代育种，有时没有座位，一路上站十几个小时也是常有的事，这对一个年近60岁的人来说，该是多么的不容易，可他从不畏难怕苦，曾数十次往返于泰安青海之间。据不完全统计，“文革”中全院取得的科技成果经 “文革”后评审，获奖的有十几项，其中包括2项全国科学大会奖，8项省科学大会奖。“寒凝大地发春华，雪压残枝犹有桔”。这就是可钦可敬的中国知识分子，这就是老一代的山东农大人。
　　“文革”中，山东农学院曾经停止招生达5年之久，直到1971年始有418名工农兵学员入校。