解放初期的全国高校院系大调整，奠定了新中国成立后50多年不曾改变的全国高校发展的格局，其影响重大而深远。
　　院系调整是在1950年6月第一次全国高等教育工作会议上提出的。当时全国高校共有227所，在校生13.4万人。高校分布极不均衡，华东地区有高校85所，占总数的37.4%，仅上海一地就有34所，占总数的20%，这种格局远远不能适应国家建设的需要。1952年5月，教育部制定了全国高校院系调整的几个大的原则。根据这些原则，华东局教育部在上海召开华东区各大专院校负责人会议，山东大学校长华岗、山东农学院副院长华山参加了会议。就是在这次会议上，确定了山东农学院与山东大学农学院合并，成立新的山东农学院，同时并入南京大学园艺系果树组、金陵大学园艺系、齐鲁大学农业专修科。
　　解放初期的那个年代，人心齐，干劲大，中央一声令下，全国万马争奔。上海会议结束后，各院校立即行动起来。1952年9月12日，山东大学农学院除水产系外，农艺系、园艺系、植物病虫害系全部由青岛迁往济南，共有教师32人，其中教授10人、副教授3人、讲师8人、助教11人，职员14人，工人32人，学生118人，并调入大部分设备、图书等；7月3日，齐鲁大学农业专修科到校，计有教授2人，副教授1人，讲师3人，助教2人。9月24日，南京大学园艺系果树组和金陵大学园艺系两路人马同日到校，计有教授2人，副教授1人，讲师1人，助教2人。这两个系建系时间长，设备、图书、资料等较为齐全完备，他们到校时也大部分一并带来。
　　虽然全国高校院系调整是在1952年进行的，而山东省人民政府早在1948年2月召开的全省教育工作会议上，就决定以山东省立农学院为基础，合并黄河水利专科学校、山东省立济南农业职业学校、青州农业专科学校。根据这次会议决议，这三所学校已经分别于1948年10月、12月，1949年11月并入了山东省立农学院。
　　三校的创办背景、基本情况不尽相同：山东省立济南农业职业学校是1939年9月由日伪山东公署在原山东公立农业专门学校校址上创办的，开设农科、畜产科。至1946年，该校有教职工 39人，学生 320人，校长为白孟龙（山东公立农业专门学校毕业生）；青州农业专科学校是1946年5月由山东省抗日民主政府在驻临沂期间创办的山东省农业干部培训班，由于解放战争形势的变化，办学地点不断变更，于1948年6月到青州办学，正式命名为青州农业专科学校，校长为宋彦人 （后为农业部植保局局长）。同年12月20日，该校的30名教职工和328名学生奉命到达济南，与山东省立农学院合并；黄河水利专科学校是由黄河河务局于1948年11月成立的，校长为钱正英，设有本科、速成班，培养中级以上水利工程技术人才。1949年11月，该校的十几名教职工、50余名学生并入山东省立农学院。
　　经过1952年院系调整后的山东农学院设农学、园艺、林学、畜牧兽医、农业化学、植物保护、农田水利等7个系，及水文、气象测绘等5个专修科。全校有教职工427人，其中，教授30人、副教授26人、讲师42人、助教47人，干部112人、工人152人，学生1175人。这样的规模，在当时的全国农业高校中是屈指可数的。由于师生数量的大幅度增加，原来的校舍已难以使用，经省人民委员会批准，学校由桑园迁往洪家楼 （即今天的山东大学北校区）。院系调整后的山东农学院队伍精壮，学科齐全完备，校舍条件大为改善。在此基础上，学校在办学条件、规模形制上保持了近半个世纪的相对稳定。