正当山东公立农业专门学校日新月异地发展壮大之时，1926年6月30日，张宗昌一纸令下，将清末民初在省城济南陆续成立的农、工、商、医、矿、政法六所专门学校合并，重新组建山东大学。
　　张宗昌没有什么学问，虽然在山东主政期间做过几件具有文化价值的事情，但并不懂得什么教育。其实“六专”合并的始作俑者是前任教育厅厅长王讷。王讷临去任之时，曾拟订了一个改建省垣各校计划书，按照这个计划书，将除农专外的其他“五专”的校址一律拍卖，用拍卖的钱在农专附近购地，建设一所“其规模如美之亚历山大、英之牛津”一类的大学，即使“降格以求，亦应拟北京之燕京、清华等，以其容纳各专校而有余。其农专则改组为新组大学之农科”。而保留农专的考虑是因这里 “地势宽旷，规模广大，负山临水，风景绝佳，且去城不远”。
　　王讷的这个计划，宏则宏矣，可惜只不过是痴人说梦。当时政局动荡，各路军阀只顾为争夺地盘连年征战，哪有心思搞什么教育。1926年7月24日，“六专”合校，新的山东大学正式成立，山东公立农业专门学校改建为山东大学农学院。由于拍卖“五专”校址计划的流产，除文学院设在前清府学考场的上至书院（即现在的济南趵突泉公园）外，其他学院仍在原校址办学。所谓“美之亚历山大、英之牛津”尽成话柄，就连降格以求的 “北京之燕京、清华”，也成了清谈误国的又一佐证。新成立的山东大学被时人讥讽为“亚历山大者，乃亚洲历山大学之谓也”。
　　1928年4月，国民革命军北伐，进抵泰安，张宗昌败逃，山东大学的师生因避战乱而大半散去，学校也因无人负责（1927年校长王寿彭辞职，其后，张宗昌曾内定著名学者辜鸿铭为校长，以接替王寿彭。但辜鸿铭当时已是病情危急，不久即去世，未能到任。由张宗昌自兼校长，一时成为笑谈），经费无着落而停办。1929年，局势稍有平稳，南京国民政府教育部采纳蔡元培先生的建议，收用私立青岛大学的校舍、校产，将山东大学迁往青岛，而农学院及农事试验场仍留在济南。
　　山东大学东迁后，设在济南的农学院仅设研究、推广两部，并附设农业传习所。因缺乏经费，始终未能招生，直到1934年12月，才举办了一期冬季农业训练班。
　　国立山东大学农学院因迟迟未能招生而引起部分社会人士的不满。1934年8月，山东实业学会代表彭芝英、卞晓亭（二人均为山东公立农业专门学校毕业生，彭毕业后曾留学日本）等致函山东省教育厅厅长何思源，要求收回农学院院址及经费，创办独立的农业专科学校。教育部派员对山东大学进行了视察，提出“农学院如因经费关系难以成立，可将院舍、农事试验场及各项设备让予山东省教育厅，俾用于筹办农业专科学校”。是年6月，山东大学校长赵太侔致函教育部，同意结束农学院。1935年11月，时任教育部长王世杰签署命令，案准何思源提出的成立山东省高级农业职校及农事试验场与山东大学合作办学的提议。对于这样一件既符省情、校情又合民心民意的大事，不知为何，一个月后教育部又收回成命，仍命在济南设立山东大学农学院及农事试验场。国民政府的朝令夕改，使山东高等农业教育的发展失去了一次绝好机会。
　　1937年7月，抗日战争全面爆发，11月，战事波及山东，山东大学奉命迁往安徽安庆，旋又迁至四川万县。翌年2月，教育部将山东大学停办，设于济南的农事试验场沦于敌手，成为日伪华北农事实验总场济南支场。
　　就这样，一个有着十多年办学历史且成绩卓著、有着美好发展前途的山东公立农业专门学校，被封建军阀、国民党官僚用十年的时间毁灭殆尽。每每忆及这段历史，不免令人扼腕浩叹。