“十二五”期间，学校遵循“适应社会需求，遵循教育规律，立足学校实际，突出办学特色，提高质量效益”的原则，调整学科专业结构布局，整合、优化学科专业资源，积极发展新兴学科专业和应用性较强的学科专业，为学校的学科专业建设打下了良好的基础。
人才培养模式科学合理
2012年，按照与学校大类招生、教育部工科教育认证和即将实行的学分制相符合的要求，修订了人才培养方案。建设了1个省级人才培养模式创新实验区——教师教育专业人才培养模式创新实验区。重视学生实践能力培养，加强实验室、实验教学示范中心、实习实践基地建设，建成1个省级实验教学示范中心、58个校外实习实训基地。师范生“顶岗实习支教”工作全面展开，截至目前，已有14批7400多名师范生到菏泽市9县（区）130多个乡镇、200多所农村中小学进行了顶岗实习支教，提高了学生的实践能力，促进了城乡基础教育均衡发展。加强教改项目立项工作，五年来共审批校级教改立项96项，已结项58项，多项成果获奖。积极应用教学改革成果进行学科专业教学改革，评出校级优秀教学成果奖18项，获得省级教学成果奖3项。
学科专业建设特色突出
“十二五”开局之初，学校本科专业由39个增至54个，涉及经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、管理学、艺术学十大学科门类。其中应用型和与地方经济社会密切相关的专业超过半数，形成多学科协调发展、以应用型学科为主的学科专业体系。学校有计划、有重点地培育了一批在省内有一定实力，适应地方经济与社会发展的建设项目，并以品牌、特色专业建设为突破点，带动学校专业建设整体水平的提高。财务管理专业被确定为省级综合改革试点专业，机械电子工程、食品科学与工程2个专业成为省级卓越工程师培养计划项目，机械电子工程和化学工程与工艺遴选为省级应用型人才培养支持项目。遴选出3个校级品牌专业、11个校级特色专业。学校重点学科建设取得突破，理论物理和应用化学成为省“十二五”重点建设学科。财务管理、化学工程与工艺、生物科学3个专业被评为省级特色专业。学科建设与专业结构初步呈现均衡发展格局。
办学资源配置初步整合、优化
2013年，学校依托菏泽学院省级教师教育基地成立了菏泽学院教师教育学院。教师教育学院整合教育科学系、初等教育系、学前教育系、继续教育学院、单县教师教育学院和郓城教师教育学院等校内外资源，形成了相对独立的、教师职前培养与职后培训一体化的教师教育体系。与企业共同制定人才培养方案，实施联合培养。与香港震雄集团合作，接收蒋震高等工业学校机电设备84台（套），总价值380余万元；与青岛东合信息技术有限公司合办了计算机科学与技术专业（软件外包方向）和电子信息科学与技术专业（物联网方向）；与上海东方财富信息股份有限公司（东方财富网）合办了经济学专业（金融服务外包和金融理财方向）；与爱尔兰都柏林商学院合作举办了会计电算化专业。
教学质量不断提高
结合学校实际，形成了以自我评估为核心，“两主体、四自评、三反馈”为主要内容，全员参与、全过程监控双层闭环运行的监控体系，保障了教学工作的平稳有序运行。2011年学校开展了本科教学自评工作，2012年顺利通过教育部本科教学工作合格评估，学校扎实推进本科教学评估整改工作。按照学科专业建设规划，引进与培养相结合，注重师资梯队的完备、师资学历层次的提高和职称结构的合理，师资队伍整体素质得到提高。专任教师中硕士以上学历人员比例逐年提高，目前已达到63.5%。注重教学团队建设，评出校级优秀教学团队11个。基础化学系列课程教学团队和公共教育学教学团队被评为省级优秀教学团队。评选3期校级教学名师，30人获校级教学名师称号，5人获省级教学名师称号。
课程建设得到加强
按照“全面推进、重点建设、培育精品、提升质量”的课程建设要求，科学合理地构建专业课程体系。先后遴选校级精品课程建设项目25项，17门课程被评为省级精品课程。“双语教学”取得突破，植物生理学被评为省级“双语教学”示范课程。为满足学生个性化的学习需求，学校充分利用现代信息技术和共享网络优质教学资源，启动MOOC课程开发计划，加快转变教育观念，实现课堂的革命性变革。2014年，引进10门MOOC课程并将其纳入全校性跨学科任选课修读范围，为学生开展自主学习提供了条件。（教务处）