2003年，学校在第七次党代会上提出新时期奋斗目标：到2018年（建校120周年），建成整体水平国内一流，优势学科达到国际先进水平，特色鲜明的研究型大学；到2048年（建校150周年），建成整体水平国内一流，国际上有重要影响的开放性、综合性、研究型大学。
　　十年来，学校一直致力于学校的全面性发展，形成了以生命科学为特色，多个学科协调发展的综合性大学，学校的内涵发生了很大的变化。
　　2008年，我校张启发院士带领的水稻国家创新研究团队发现了一个可以同时控制水稻植株高矮、抽穗期和每穗粒数的Ghd7基因，为全球范围内农作物产量提高迈出了关键一步。该成果同神舟七号等新闻一同入选2008年度“中国基础研究十大新闻”。张启发门下3位女博士生———研究控制籼粳稻杂种育性广亲和基因课题组的欧阳亦聃、丁寄花、陈炯炯，也因此走进人们的视野。同年年末，三人被评为“2008年校园媒体关注年度人物”。
　　2011年，该团队再次成功克隆出正调控水稻粒重的GS5基因，这项研究成果已发表在国际顶 级 遗 传 学 杂 志《Nature5Genetics》。GS5在水稻人工驯化和育种过程中起到了重要作用，并与种子大小的多样性有关，影响因子高达36.377。研究成果入选教育部科学技术委员会组织评选的2011年度“中国高等学校十大科技进展”。
　　记者从相关部门了解到：2002年，我校作物学整体水平评估列全国同类学科第一。2004年，我校多门课程评为2003年度“国家精品课程”。2005年，学校整体进入“211”。2006年，我校接受教育部本科教学工作水平评估，评为优秀。2009年，全国高校绩效评价我校列第11名。2011年，我校国际学院、研究生院成立；GS5基因克隆与功能研究成果入选年度“中国高等学校十大科技进展”；学校再次荣膺全国文明单位。2007年到2009年，我校在全国一级学科评审排名中，作物学、园艺学、农业资源利用、畜牧学、兽医学、水产、农林经济管理等一级学科均进入全国前五名。
　　除了关注师生专业方面的发展，十年来，学校还一直努力加强学校的人文学科建设，提高学校师生的人文素养，将学生培养为文理兼备的人才，为学生提供更大的发展空间。
　　2012年3月15日，学校召开人文社会科学学科建设工作会议。同日，马克思主义学院正式揭牌成立，我校文科建设也从此进入新的发展时期。回顾我校文科建设走过的历程，2008年我校成立思想政治理论课部，强化了对思想领域学科的重视。学校为了强化学科建设，在2009年将马克思主义中国化研究定为校级重点学科—————通过二级学科点的建设，运用较好的学科队伍和成果支撑带动一级学科点“马克思主义理论”的建设，并为申报一级学科的硕士点做准备。
　　近年来，学校一直注重发展人文社会学科，并在“十二五”规划中做了战略的定位和规划，明确了发展的目标，提出了发展的举措，2012年工作要点提出要启动人文社会学科的规划工作。2012年，马克思主义学院正式成立，意外着经过几十年的推敲摸索，我校文科建设平台从无到有，人文社科体系从单一到多元，为我校整体文科水平的进一步提高构筑了坚实基础。
　　副校长张献龙曾指出，目前我校人文社会科学学科发展相对滞后，与综合性大学相比尚有较大距离。随着学校事业的发展，历史要求我校学科布局更加合理，我们力争在10年内达到农、工、文相关学科4:2:4的比例。
　　2011年6月3日，我校国际学院成立暨揭牌仪式在行政楼会议室举行。在成立仪式上，校长邓秀新指出，对外开放办学既是落实国家教育纲要的要求，又是推动我校又好又快发展的必由之路。国际交流学院将是我校对外交流与合作的又一个重要窗口和桥梁。
　　这是我校在对外交流发展史上的再一次突破。自2002年，学校与美国、加拿大、英国、法国等40多个国家和地区的150余所院校、科研机构开展合作交流。十年来，我校共派出2209人次出国（境）交流，获批3个引智基地，国（境）外来访总人数7000人次，有52个国家209名留学生在读。先后举办37次高水平国际会议、双边会议，成功主办第12届国际油菜大会、第11届国际柑橘学大会。
　　2002年以来，学校新增一级学科硕士学位、博士学位授予权专业13个和7个，总数分别为19个和13个；新增二级学科硕士学位、博士学位授予权专业55个和35个，总数分别为98个和61个；新增本科专业10个；新增一级国家重点学科、二级国家重点学科、二级国家重点培育学科各1个、4个、1个，总数分别为1个、6个和1个；新增一级省部级重点学科、二级省部级重点学科7个、25个，总数分别为7个、36个；新增博士后科研流动站4个，总数为10个。新增硕士专业学位授权点6个。2002年以来，新增中国工程院院士2人、“长江学者奖励计划”特聘（讲座）教授7人、“国家杰出青年科学基金”获得者6人、国家教学名师4人，现有国家“百千万人才工程”13人。国家级教学团队7个、省部级教学团队8个。新增国家自然科学基金创新群体3个、新增省部级科技创新团队17个，3人入选国家“千人计划”、入选现代农业产业技术体系首席科学家1人、美国科学院外籍院士1人。
　　今天，学校已站在从“局部创优势”到“整体上水平”的新的历史起点，面向未来，朝着建设特色鲜明的研究型大学的宏伟目标前进。