“十一五”时期是我校各项事业大发展时期。学校基层党组织建设也取得了长足发展，为学校事业的发展提供了坚强保证。
　　调整党的基层组织设置，扩大党组织的覆盖面。根据工作需要和党员人数，设立基层党的组织，按期对基层党的组织进行换届改选，并对分党委、总支部委员会和直属支部委员会配备专职党务工作人员。
　　与教学、科研、管理、服务等机构相对应，在这些机构下设立了党支部。教师党支部一般按院（系）内设的教学、科研机构设置；学生党支部按年级或院（系）设置，学生中正式党员达到3人以上的班级及时的成立学生党支部；机关、后勤等部门的党支部一般按部门设置。正式党员不足3人的，也与业务相近的部门或单位联合成立党支部。教师党支部书记一般都由教研室主任兼任，机关、后勤部门党支部书记一般由副处级以上干部担任，加强了对党支部工作的领导。同时将离退休党员编入党的组织，根据居住地点和生活学习方便的原则，设立了6个党支部，经常开展党的活动。
　　2006年，学校有18个党总支，3个直属党支部，91个党支部。2009年，学校党委根据机构调整情况和党员数量对党的组织进行了相应的调整。“十一五”末期学校有8个二级党的委员会，8个总支部委员会，4个直属支部委员会、87个党支部。
　　坚持标准发展党员，切实提高党员质量。坚持“早启发、早引导、早选苗、早培养”的做法，从低年级抓起，建立一支数量较多、素质较高的入党积极分子队伍。健全三级培训模式，完善培训机制，通过多种形式和途径加强对积极分子的培养。认真贯彻“坚持标准、保证质量、改善结构、慎重发展”的方针，同时结合我校的实际情况，制定了《发展党员工作实施细则》、《发展党员工作程序》、《组织发展工作制度》、《发展党员公示制实施办法》、《组织员工作条例》、《发展党员工作责任追究制度》和《发展党员质量责任书》等制度，进一步规范发展党员工作模式。对发展对象的审查做到严把入党动机关，严把政治审查关，严把党校培训关，严把学习成绩关，严把群众意见关，严把基础材料关，保证了发展党员的质量。学校发展党员数量稳定在每年440人左右，五年来共发展党员2242人，其中学生党员2192人，发展党员比例为学生总数的8%。
　　加强干部队伍建设，不断提高领导水平。严格按照《党政领导干部选拔任用工作条例》的要求，采取公开竞聘的方式选拔任用干部，学校党委常委会议以票决的方式决定干部的任用，做到公平、公正、公开。2008年初对全校中层干部进行了全面换届，有44人交流了工作岗位，有23人被提拔重用。学校党委注意加强对干部的教育培养，通过理论中心组学习、中层干部培训班、暑期中层干部工作会议、选送中层干部到兄弟院校挂职锻炼、到省市党校等培训机构培训等多种方式加强对中层干部的培养，注重提高中层干部的素质和能力。选拔了102名处级后备干部，制定了培养方案，储备优秀人才，为学校事业长远发展提供保障。
　　积极开展学习实践科学发展观和创先争优活动，加强了基层党组织建设。2009年3月下旬至9月中旬，在全校各级党组织和广大党员中广泛开展了学习实践科学发展观活动。2010年下半年，又在全校范围内开展了创先争优活动。党员干部积极参与，基层组织加强领导，组织党员开展理论学习，不断提高思想理论水平，增强党性修养，建设学习型党组织。通过民主生活会、思想汇报等形式，查找自身不足，明确奋斗目标，处处做群众的模范，处处起带头作用。通过党支部生活立项活动，丰富基层组织生活，增强党组织的活力，增强党员的意识，增强了党组织的凝聚力和战斗力。学校党建工作得到上级党组织的充分肯定。学校党委被省委评为学习型党组织、勤廉典型、吉林省先进基层党组织标兵，向中央巡回检查组汇报了学习实践活动，连续3年向全国高校党建工作会议报送材料，学校领导两次参加全国高校党建工作会议。