围绕学校二次党代会提出的培养具有创新精神与创新能力的高层次精英人才的目标，我校的研究生工作从2006年开始进行了一系列的培养模式改革。以突出培养研究生创新能力与实践能力为核心，学校将研究生培养分成了四个模块，即：课程学习模块，科学研究模块，学术实践模块，论文研究模块。四个模块相互作用，相互制约，构成一个四环培养模式。四环培养模式从课程改革环节入手，探索各个环节之间逻辑关系，构建动态、系统的培养模式。以课程学习、学术实践、科学研究、论文研究为基本框架，对课程体系、教学方法、考核方式、教材选用、学术交流、课外活动、社会实践、科研项目、学位论文选题、开题、学期检查、外审及答辩等各子要素实施质量控制，并将最终目标落在研究生培养质量及发展质量的提升上。在新的培养模式改革的带动下，研究生培养工作规章制度日臻完善，管理水平更上层次，培养质量提升到一个新的层次和水平。
　　四环培养模式以课程学习环节为基础，以学术实践环节为途径，以科学研究环节为关键，以论文研究环节为总结，追求横向维度为根本、纵向维度为辅助的动态平衡，打破了原来以时间为标尺的纵向维度对各教学环节的割裂，更加关注的是四要素间相互交叉的部分，关注培养过程中各环节的相互衔接、相互促进、相互影响，使研究生培养过程“活起来”。
　　一、以课程学习为基础，夯实研究生知识结构课程学习在学校研究生教育中处于基础地位。从2007年开始，经过2007年、2009年两轮培养方案的修订工作，对研究生课程设置进行了一系列的修改和调整，改革后的课程模式从学生实际需要出发，以学生为本，贯彻“减学时不减知识点”的基本要求，课程设置力求做到少而精，即：基础课使学生理论再上新台阶，专业课使学生创新能力和创新思维得以激发。
　　在课程体系设置上，2009年，本着“创新、透明、改革、质量”的原则，学校首次对本科、硕士、博士的培养方案统一进行了修订。各院系在充分调研行业协会、用人单位、新老校友、在校学生等多方面意见和建议的基础上，对每一个知识点进行重新整合分析，避免知识点的重复；由院系根据学科特点以及学校特色自行安排培养方案内容；在保持了2007版研究生培养方案相关优点的基础上，2009版研究生培养方案的培养目标、研究方向、课程体系更加科学合理，具有广泛的社会需求基础，为培养基础厚重，具有创新精神和鲜明特色的研究生打下了坚实的基础。具有一级学科授权的学科按一级学科执行培养方案。课程设置满足内涵发展的需要，保持课程内容的前沿性、系统性，硕士生课程与本科生课程、博士生课程在纵向上形成系统层次、有效衔接。增设了综合环节，其中硕士课突出了实验课、学术活动，博士课突出了学科专题研究内容，以利于促进创新能力、实践能力、研究能力的培养。
　　在教学改革上，以构建精英型人才培养体系为目标，以“学生为主体，教学与研究相结合，积极支持学生的个性化发展”为思路，实施了一系列研究生教学方式与考核方式的改革。英语课针对不同层次的研究生，分别构造英语基础平台课和英语素质平台课，因材施教，在保证基础知识传授的同时，注重应用能力的培养；基础平台课侧重于基本知识的学习与提高，素质平台课侧重于培养研究生科技英文写作、科技英语翻译、语言交流能力。近3年我校研究生用英文发表学术论文812篇，且数量逐年增加。马克思主义理论课程，从“改革教学模式，加大自学比重”、“改革教学方法，提高教学效率”、“引入案例教学，强调学以致用”、“改革考核方式，减轻学生负担”四方面入手，对课程进行了循序渐进的教学改革；引入网络教学平台，把教学活动从课堂教学延伸到了课堂之外，让学生可以与教师进行随时的交流；另外在博士生政治理论课中增设专家讲座，为博士生专业理论学习拓展了新的思路。公共数学课程，根据各学科的特点，在广泛征求不同院系、导师和研究生意见的基础上，构建了不同侧重点和不同难易程度的公共数学课程模块，由各学科的导师和研究生来选择。
　　在教材选用上，以所选教材符合教学大纲要求为原则，取消了一些过时的、不符合研究生培养目标的教材，出版和启用了一批新的适应教学改革及研究生教育发展要求的新教材。2006-2009年，我校教师共出版研究生教材73种(含“十一五”国防科技学科立项教材15种)，其中国家级出版社 24种，985高校出版社19种。2种教材入选教育部推荐研究生教学用书。获得省优秀图书一等奖2种、二等奖5种、三等奖2种。“十一五”国防特色学科专业立项教材有 32本 （1本入选院士文库），取得了全国高校研究生教材立项第一名的好成绩。
　　二、以学术实践为途径，全面推进素质教育以学术活动和社会实践为工作重点，学校为丰富广大研究生的科技知识，扩展研究视野，定期邀请知名专家、学者为广大研究生进行专题讲座、学术研究报告和热点问题讨论。近两年学校邀请了“绕月工程”总指挥栾恩杰，杨士莪、秦裕琨、沈世钊等院士，军事科学院研究员傅立群少将等专家学者来校讲学。2007年9月学校承办“船舶与海洋工程全国博士生学术论坛”，9位中国工程院院士和来自全国 41所高校、科研院所的50多名专家、学者及280名博士生齐集我校，交流体会，砥砺思想，开阔视野，启迪智慧。并在此基础上成功申办2009年核能科学与工程全国博士生学术会议，该会议将于今年12月在我校召开。大师的教诲、学者的传授、同行的切磋，为我校研究生创新思维的培养和对前沿科研方向的把握起到了积极的促进作用。
　　同时，学校积极构建创新平台，积极协调好和组织好研究生创新基地、创新中心的建设，合理开放各院系的实验室、创新中心，形成具有鲜明的工程大学特色的开放式研究生创新平台。2005年以来，学校与中船总第703研究所等5个科研院所、企事业单位联合建立了省级研究生培养创新示范基地。研究生联合培养的模式在原国防科工委系统研究生工作会议上作了典型发言，广泛推广。
　　三、以科学研究为重点，确保研究生的培养质量按照“学生必须作科研，不做研究就不能创新”的要求，围绕培养创新能力和素质为目标，学校的研究生教育以科学研究为重点，以产出高水平的科研成果和培养高层次的创新人才为目的，以“基础学科的研究生加强科学实验训练、人文社会科学的研究生重视社会实践和社会调查、工程技术类及应用性较强学科的研究生加强实际工作能力和社会实践能力的训练”为原则，鼓励学生从事科学研究，锻炼学生的科研能力。
　　学校支持研究生参加导师科研项目，为研究生进行科学研究提供平台。目前，研究生的学位论文大都来源于导师的科研课题，尤其是我校“三海一核”学科领域的博士生学位论文均来源于导师的科研课题，在高水平的科学研究中，锻炼和提高了研究生的科研创新能力。2006年以来，学校绝大多数国家863项目、国家自然科学基金项目中，教师与研究生参与比例达到了1﹕1；在国防973项目研制中教师和研究生参加的比例为0.6﹕1；研究生与导师共同承担近8亿元项目研究工作。在获得各种国家和省部级科技奖励中，研究生的名字频频出现在获奖名单中，许多研究生在做论文期间就有自己的成果。
　　同时，学校积极深化研究生培养机制改革，进一步落实以科学研究为主导的导师负责制和资助制。学校制定研究生资助体系管理文件，明确导师是研究生培养的第一责任人，招生资格审查、招收学生数与科研任务挂钩，明确导师资助制。改革研究生培养经费分配办法，设立培养基金，理顺学校、导师和研究生之间的关系，进一步调动导师和研究生工作学习热情，增强责任感。
　　四、以论文研究为标志性成果，彰显培养质量的提升按照学校第二次党代会提出的要求：研究生就是通过研究工作进行学习的学生，要通过在研究中学习，从根本上提高研究生教育的质量。从2006年开始，学校建立建全了论文开题、检查评审制度，加强导师队伍的管理，并取得显著成绩。
　　在学位论文开题上，研究生根据自己的论文工作进展情况，学位论文开题可在课程学习过程中进行，改变了以往割裂课程学习与论文研究的情况。
　　在培养过程管理上，执行学期检查制度。学期检查是对研究生课程学习及学位论文阶段性工作情况的全面考核，有助于加强研究生培养过程管理，及时解决研究生课程学习与学位论文工作中存在的问题和不足。每学期检查的侧重点均不相同：第一学期主要检查培养计划的制定情况、研究方向确定情况；第二学期主要检查培养计划的执行情况、文献查阅、文献综述撰写情况；第三学期重点检查开题报告情况；开题后每学期主要检查学位论文工作执行情况。
　　在学位论文评阅、答辩管理上，实行一审双答制度。即论文评审采用双盲评阅制度，论文答辩要通过预答辩和正式答辩。2003年，学校首先在工程硕士中实行预答辩制度，2006年起博士生也执行预答辩制度，对未通过预答辩的研究生，不受理其学位论文评阅申请，限期整改，另行预答辩。同时从2006年开始，学校对所有通过预答辩博士生的学位论文组织双盲评阅，对硕士学位论文执行学校和学院二级抽查盲审制度。
　　在学位论文研究上，实行导师组管理制，每名研究生由1名主导师和3名建议教师组成的导师组联合指导，导师组可由跨院系、跨校的教师组成。为保证学位论文质量，学校注重建设一流的研究生导师队伍，强化导师队伍建设，实施导师的动态管理与退出机制，不断提高研究生培养质量。
　　经过几年的改革和尝试，研究生培养的四环模式有效地提升了研究生教育的管理水平，提高了研究生培养的质量。2006年-2009年，研究生公开发表学术论文被三大检索收录的数量逐年提高，全国优秀博士学位论文（含提名）获奖人数逐年增多。走向工作岗位的研究生受到用人单位好评，用人单位评价我校毕业研究生基础知识扎实，创新能力强，工作踏实肯干，能够吃苦耐劳，有很好的敬业精神和较强的组织协调能力，创出了“哈工程”研究生培养的品牌。研究生在国家机关、高校、部队、科研设计单位就业的占就业学生总数的80%以上。研究生一次性就业率保持全国领先。
　　近年来，中央电视台、《光明日报》、《中国教育报》、《中国青年报》、《黑龙江日报》等国家和地方的数十家新闻媒体对学校的发展给予了极大关注，对学校研究生培养等情况进行了多次报道，收到社会的广泛关注和好评。《中国军工》在2006年以《笃学厉行，青春激扬》为题，对我校2003级核能科学与工程专业的博士生进行了专门报道；2009年9月，工信部网站以《哈工程：忠诚坚守服务国防 工学并举彰显特色》为题，报道了我校的人才培养工作。