2009年，我校在校党委的正确领导下，认真学习贯彻党的十七大和十七届三中、四中全会精神，紧紧围绕海峡西岸经济区建设对高等教育提出的新任务、新要求，按照学校第一次党代会提出的目标和任务，以科学发展观为统领，全面贯彻党的教育方针，着力推进评建工作和“质量工程”建设，大力实施“服务海西发展规划”，开创了学校发展的新局面。学校被中央文明办表彰为全国精神文明创建工作先进单位。
　　——办学理念不断更新。坚持以科学发展观为指导，深入贯彻落实《国务院关于支持福建省加快建设海峡西岸经济区的若干意见》和省市实施意见，坚持“四个重在”、“四求先行”和“四求作为”，牢固树立立足三明、服务海西，在海西建设中求作为、做贡献、促发展的办学理念。12月中旬，带着学校建设发展中遇到的重要问题，学校主要领导率领部分部门、系负责人用7天时间学习考察了12所省内高校，回校后考察团全体成员在全校副处级以上干部中进行汇报交流，拓宽了办学思路，增强了发展的责任感和紧迫感。
　　——本科教学改革进一步深化。不断优化学科专业结构和资源配置，凝练特色学科专业。新增学士学位授权专业7个，具备学士学位授予权的专业达到21个；正在申报动画等3个新专业。坚持以评促建，优化教学过程，推进专业建设和课程建设，健全和完善教育教学质量监控和保障体系，提升本科教学工作水平。
　　深入实施“质量工程”建设。新增省级特色专业2个，精品课程1项，省级教学名师1人。获福建省第六届教学成果二等奖1项。全面开展校级“质量工程”建设，共立项建设20项大学生创新性实验计划项目，7门精品课程，建设25项教改项目，完成对2006年24项教改项目的结项验收。完成了第三届教学名师的评选，共评选了3位教学名师。完成了校第二届教学成果奖暨省第六届教学成果奖的推荐，表彰了8项成果。
　　着眼于应用型人才培养，推行“7+1”培养模式，强化实践环节。安排实验室立项建设经费200万元，建设项目16个。投入811万元，为新建综合实验教学大楼配置了实验教学设备。加强2009届毕业论文（设计）质量监控，评选出优秀毕业论文（设计）38篇和优秀指导教师18位，组织编印出《2008届优秀毕业论文（设计）汇编》。加强实习管理，圆满完成2009届实习工作。新签约实践基地11家,现全校共建立教学实习基地41家,实践基地83家。积极开展本科生创新教育学分的认定工作和技能鉴定工作。学生在各类竞赛中取得新突破，在全国第二届大学生艺术展演活动中获得书法、篆刻类艺术作品（普通甲组）一等奖；获第五届“用友杯”大学生创业设计暨沙盘模拟经营大赛全国总决赛一等奖的佳绩。
　　——科技文化创新水平进一步提升。省教育厅正式下文批准我校设立“福建省高校药用植物开发利用工程研究中心”；省级科技创新平台“福建省固定床洁净煤气化工程技术研究中心”通过省科技厅专家评审。有50个科研项目获国家、省市科技部门立项，其中国家社科基金1项,省自然科学基金1项，省社科基金1项,省林业厅攻关项目1项。共获科研资助经费242多万元。选送48项成果参加三明市第四届社会科学优秀成果的评奖，获奖24项，其中一等奖2项，二等奖11项，三等奖11项。组织申报福建省第八届自然科学优秀学术论文奖，获得二等奖2项，三等奖1项。共举办学术讲座60场次，承办省级以上学术活动3场。
　　——服务海西建设能力进一步增强。服务海西建设八个重点项目取得积极成效。“三明市天然药用植物资源开发利用”课题组与三元区吉口采育场合作，开展生态公益林下套种草珊瑚获得成功，三元区已在全区林场和林农的公益林下辐射推广，种植面积达到1万多亩，是目前国内最大的草珊瑚人工种植基地，三元区被国家林业局中国经济林协会授予“中国草珊瑚之乡”称号。课题组与吉口采育场合作，申报国家草珊瑚道地药材生产基地已通过专家组的评审。草珊瑚种质资源筛选与开发利用研究和草珊瑚饮料开发研究方面也有了重要进展。“三明市化工类优势资源的开发和应用”课题组与三明化工厂合作完成了福建省科技重点项目“粉煤成型富氧连续气化技术工业化应用”联合攻关，目前正准备项目成果的专家鉴定验收。同时，组建福建省固定床洁净煤气化工程技术研究中心，省科技信息研究所组织有关专家进行现场评估，获得通过。“三明市矿产资源开发利用平台建设”课题组完成了市政府委托的三明市氟产业发展规划。
　　服务三明市文化产业发展有了良好开端。1月5日，经省教育厅批准的三明学院学院海峡动漫学院正式成立，同时成立海峡闽中动漫游研发制作中心。以艺术系、数学与计算机科学系为基础，联合华宇置业集团福州华宏数码动画有限责任公司、中国美术学院等企业和高校加盟，目前，已在为海峡两岸林业博览会设计动漫吉祥物、三明电视新闻栏目片头动画等方面进行了成功的尝试，产生较大反响。
　　积极开展闽台合作，与台湾中国科技大学、实践大学达成合作办学意向，筹建海峡理工学院。
　　围绕实施服务海西发展规划，加大与当地政府、企事业单位合作的力度，分别与明溪县人民政府、三明移动公司、建设银行三明分行签定了全面合作协议，合作内容包括新产品开发、人才培养与培训、教学实习基地建设、高层次人才互聘、共建实验室等，拓展了产学研结合、合作办学的空间。
　　——人才队伍建设进一步加强。以高层次人才和青年骨干教师培养为重点，坚持培养和引进并重的原则，优化人才师资队伍的学缘结构、学历结构、职称结构和年龄结构。同时，根据应用型人才培养和服务海西重点项目建设的需要，柔性引进61名高校的教授、科研院所和企事业单位的高级管理和技术人才、中小学特级教师为兼职教授（副教授）、研究员（副研究员），参与我校人才培养等教学改革工作，促进高素质应用型人才的培养。新进30名教师，具有硕士以上学位教师占教师总数的比例达40.3%；新晋升正高职称4人，副高职称13人，中级职称37人，高职称教师的比例达40.7%。
　　——招生与就业工作保持良好势头。共录取普通本专科新生2967人，报到率91.3%，生源地扩大到18个省份。生源比较充足，多数专业第一志愿录满。千方百计解决毕业生就业难的问题。重点帮扶推荐“双困生”就业。17名优秀本科毕业生入选福建省2009年“选聘生”（原分配名额10名）、9名毕业生参加福建省大学生志愿服务欠发达地区计划、28名毕业生参加省级“三支一扶”项目。截止11月23日，2009届毕业生就业率达90.94%。
　　——继续教育实现了新增长。2009年继续教育学院各项收入总计266万元，比增27.3%。开办本科函授专业14个，专科函授专业13个。成人教育在校人数已达1500多人，师干培训人数2143人，社会培训6000多人次。“下县培训、送教上门”收到学员欢迎。
　　——筹融资工作取得新进展。全年实现各项经费收入1.2亿元，同比增收413.63万元，增长4.9%。在市政府的支持下，我校与建设银行三明分行的合作取得实质性的成果，获得1.1亿元中长期贷款，置换了8090万元的短期贷款，化解了学校短期还贷压力，并填补了在建项目的资金缺口。
　　——办学条件建设得到较大改善。新建逸夫图书馆正式开馆运行，新建综合实验教学大楼、南区学生公寓于竣工投入使用，完成了艺术系和经管系旅游管理专业搬迁工作。极大地改善了师生学习、工作和生活条件。
　　新增教学仪器设备800万元，现有教学仪器设备总值5800万元，生均教学仪器设备值6852元。加强预算审核和招投标管理，按急需先配、勤俭节约的原则，使综合实验大楼设备原预算从1355万元调整至898万元。两个重点项目共29个标，与预算价总额比，结余148万元。
　　纸质图书总数达66.8万册，生均达80.7册。完成现代教育技术中心搬迁工作，网络中心机房搬迁工作，完成了新学生公寓、新综合实验大楼光纤接入和网络接入工程，以及校园一卡通的光纤接入工程等，中国移动三明分公司在我校建设的无线校园网宽带全面投入运行使用。