1994年，学校确定“立足行业，面向社会”的办学定位和“对内求实，对外搞活”的工作思路，坚持从严治校，狠抓教学、科研、师资队伍、学科、实验室和基础设施建设，学校的办学水平、办学条件和综合实力稳步提高。在名誉院长孙越崎和杰出校友吴京的大力倡导推动下，经学校呈报煤炭工业部同意，国家教委于1995年4月批准恢复焦作工学院校名，标志学校由行业工科院校向通用工科院校的实质性转变。1995年，痕迹古生物、瓦斯地质两个学科建成河南省重点学科；1996年，煤田地质与勘探学科建成煤炭部重点学科；1997年，煤田、油气地质与勘探，安全技术及工程，采矿工程三个学科建成河南省重点学科。1996年，在煤炭部组织的全国煤炭院校高等数学、大学物理、理论力学3门基础课突击抽查考试中，学校在13所本科院校中名列第二，受到煤炭部表扬；大学英语四级考试通过率连年高于全国非重点院校平均通过率近20个百分点；体育达标率连续十余年被评为河南省先进单位，1996年获得全国高校先进单位称号，反映出学校办学水平和人才培养质量在不断提高。
　　科学研究面向煤炭工业和区域经济建设主战场，科研项目级别逐年提升，项目数、经费数和获奖率每年以20%以上的速度递增。
　　1998年，国务院决定将学校划归河南省管理，实行“中央与地方共建，以地方管理为主”的管理体制。
　　学校党委紧紧抓住这一历史机遇，果断决策，提出以学科建设为龙头，建设既服务于煤炭行业，又服务于地方经济发展的工科院校，进而向多科性大学迈进的奋斗目标。学校在继续加强传统优势学科和专业建设、保持特色和优势的同时，积极开拓新的学科和专业领域，努力扩大服务面向，进一步增强服务煤炭行业与地方经济社会发展的能力，为新世纪向更高目标奋进奠定了扎实的基础。朱建安等承担的《EBJ-160重型悬臂式掘进机的研制》成果分别获1998年煤炭部科技进步一等奖、1999年国家科技进步二等奖。1999年，学校科研经费首次突破1000万元。邹友峰主持的《条带开采的三维层状介质理论及其应用研究》成果获河南省科技进步一等奖。
　　进入21世纪，高等教育事业面临新的重要战略机遇期。学校敏锐抓住高等教育大发展的重要机遇，解放思想，开拓进取，各项事业实现跨越式发展。
　　2000年，学校党委审时度势，果断作出征地建设新校区的重大决策。8月，完成一期征地1079亩，12月，一期工程开工建设，次年9月3600余名新生顺利入住，成为河南高校第一个投入使用的新校区。之后，完成二期征地1878亩，学校主体搬迁至新校区。新校区建设的顺利推进，为学校各项事业发展提供了广阔空间。同年，采矿工程、矿产普查与勘探、控制理论与控制工程、安全技术及工程四个学科建成河南省重点学科，安全技术及工程学科被批准为河南省一类重点学科。
　　2001年，学校抓住河南省建立高等学校特聘教授岗位制度的机遇，率先引进全省第一位特聘教授、教育部长江学者；之后，中国工程院院士张铁岗、傅恒志、陈清如、中国科学院院士郭柏灵先后加盟学校，受聘担任教授，中国工程院院士王家耀、刘先林、周丰峻、赵振业，俄罗斯自然科学院外籍院士牛济泰，美国工程科学院院士彭赐灯相继受聘担任兼职教授。一大批高层次、高水平人才的引进，为学校的发展注入了生机与活力。
　　2002年，河南省政府批准学校举办万方科技学院，成为全省第一所按新机制和新模式举办的本科层次的独立学院，并于当年首招学生423人。同年底，首届采矿科学与安全技术国际学术会议成功召开，来自国内外的150多名院士、专家、学者参加会议，标志学校的科研和学术水平取得新的进步。同年，彭立世承担的《矿井瓦斯灾害综合治理示范工程配套技术的研究》成果获国家科技进步二等奖。